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万見
- PDB-4fl6: Crystal structure of the complex of the 3-MBT repeat domain of L3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fl6
タイトルCrystal structure of the complex of the 3-MBT repeat domain of L3MBTL3 and UNC1215
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / chromatin modification / transcription repression / MBT repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / : / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding ...methylation-dependent protein binding / granulocyte differentiation / : / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / erythrocyte maturation / macrophage differentiation / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. ...Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UWN / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhong, N. / Tempel, W. / Ravichandran, M. / Dong, A. / Ingerman, L.A. / Graslund, S. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Zhong, N. / Tempel, W. / Ravichandran, M. / Dong, A. / Ingerman, L.A. / Graslund, S. / Frye, S.V. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2013
タイトル: Discovery of a chemical probe for the L3MBTL3 methyllysine reader domain.
著者: James, L.I. / Barsyte-Lovejoy, D. / Zhong, N. / Krichevsky, L. / Korboukh, V.K. / Herold, J.M. / MacNevin, C.J. / Norris, J.L. / Sagum, C.A. / Tempel, W. / Marcon, E. / Guo, H. / Gao, C. / ...著者: James, L.I. / Barsyte-Lovejoy, D. / Zhong, N. / Krichevsky, L. / Korboukh, V.K. / Herold, J.M. / MacNevin, C.J. / Norris, J.L. / Sagum, C.A. / Tempel, W. / Marcon, E. / Guo, H. / Gao, C. / Huang, X.P. / Duan, S. / Emili, A. / Greenblatt, J.F. / Kireev, D.B. / Jin, J. / Janzen, W.P. / Brown, P.J. / Bedford, M.T. / Arrowsmith, C.H. / Frye, S.V.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,08133
ポリマ－77,0212
非ポリマー1,05931
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.026, 54.372, 65.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT BIOLOGICAL UNIT HAS NOT BEEN DETERMINED

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 3 / H-l(3)mbt-like protein 3 / L(3)mbt-like protein 3 / MBT-1


分子量: 38510.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA1798, L3MBTL3, MBT1 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96JM7
#2: 化合物 ChemComp-UWN / [2-(phenylamino)benzene-1,4-diyl]bis{[4-(pyrrolidin-1-yl)piperidin-1-yl]methanone} / UNC-1215


分子量: 529.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H43N5O2
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 29 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG-3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
sbc1001
11
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.57 Å / Num. obs: 26075 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.2968
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.55-2.693.480.98129283717198.3
2.69-2.853.790.61137393621199.41
2.85-3.053.80.34126973345199.38
3.05-3.293.780.17119073153199.56
3.29-3.613.760.09108812896199.56
3.61-4.033.70.0597422630199.53
4.03-4.663.620.0483862317199.2
4.66-5.73.550.0370341980199.4
5.7-8.063.590.0355451545199.66
8.06-45.573.430.022991871197.45

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: related to pdb entry 3UT1

3ut1


解像度: 2.55→44.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9424 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Ligand geometry restraints were prepared with PRODRG. COOT, REFMAC and the MOLPROBITY server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 1330 5.1 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1947 ---
obs0.1981 26070 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 170.1 Å2 / Biso mean: 76.7327 Å2 / Biso min: 31.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7047 Å20 Å26.4007 Å2
2--1.9731 Å20 Å2
3----1.2684 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4697 0 107 0 4804
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1456SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes745HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4964HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion622SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5336SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4964HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6817HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2308 2874 -
all0.2308 --
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5461-0.12160.58732.40110.8812.3223-0.04840.23020.1724-0.2095-0.09870.3507-0.2589-0.2430.147-0.20020.04740.0105-0.23020.0356-0.212131.5396-22.859232.9375
22.7077-0.2724-0.53492.23650.47112.73510.1418-0.10080.05620.0441-0.16790.45250.0489-0.39890.0262-0.2381-0.05540.0317-0.23190.0003-0.255120.0836-18.873359.3347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A231 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B - A231 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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