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- PDB-4fkm: Structure of unliganded and reductively methylated FhuD2 from sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fkm
タイトルStructure of unliganded and reductively methylated FhuD2 from staphylococcus aureus
要素Similar to ferric hydroxamate receptor 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Class III Solute Binding Protein / membrane protein / transport of hydroxamate siderophores / Reductive methylation of lysyl residues
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Similar to ferric hydroxamate receptor 1 / Similar to ferric hydroxamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Podkowa, K.J. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal and solution structure analysis of FhuD2 from Staphylococcus aureus in multiple unliganded conformations and bound to ferrioxamine-B.
著者: Podkowa, K.J. / Briere, L.A. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to ferric hydroxamate receptor 1
B: Similar to ferric hydroxamate receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7572
ポリマ－61,7572
非ポリマー00
水3,909217
1
A: Similar to ferric hydroxamate receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8781
ポリマ－30,8781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Similar to ferric hydroxamate receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8781
ポリマ－30,8781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.005, 75.218, 100.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Similar to ferric hydroxamate receptor 1


分子量: 30878.389 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-301 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed as GST fusion; GST removed using TEV protease
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAV2284 / プラスミド: pGEX-FhuD2(delta)43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99RY8, UniProt: A0A0H3JWU6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10 mg/mL protein concentration; 20% (w/v) PEG 3350, 25% (w/v) PEG 400, 100 mM MgCl2,100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0000, 0.9797, 0.9795, 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97971
30.97951
40.97931
反射解像度: 2.2→60.3 Å / Num. all: 26093 / Num. obs: 26198 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 3669 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→60 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2397 -random
Rwork0.216 ---
all-49269 --
obs-48669 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 0 217 4484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.60897
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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