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- PDB-4fil: Structure of FhuD2 from Staphylococcus Aureus with Bound Ferrioxa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fil
タイトルStructure of FhuD2 from Staphylococcus Aureus with Bound Ferrioxamine B
要素Ferric hydroxamate receptor 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Class III Solute Binding Protein / primary binding site for iron-hydroxamate siderophores / FhuCBG / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrioxamine B / Similar to ferric hydroxamate receptor 1 / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Briere, L.K. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal and solution structure analysis of FhuD2 from Staphylococcus aureus in multiple unliganded conformations and bound to ferrioxamine-B.
著者: Podkowa, K.J. / Briere, L.A. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric hydroxamate receptor 2
B: Ferric hydroxamate receptor 2
C: Ferric hydroxamate receptor 2
D: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,06076
ポリマ－117,1984
非ポリマー6,86272
水8,611478
1
A: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,13921
ポリマ－29,2991
非ポリマー1,84020
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,14621
ポリマ－29,2991
非ポリマー1,84620
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,69814
ポリマ－29,2991
非ポリマー1,39813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ferric hydroxamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,07720
ポリマ－29,2991
非ポリマー1,77819
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.343, 78.996, 116.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ferric hydroxamate receptor 2


分子量: 29299.451 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 44-302 / 変異: K117A, K118A, K121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: fhud2, SAV2284 / プラスミド: pGEX-FhuD2(delta)43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BGA5, UniProt: A0A0H3JWU6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-0UE / Ferrioxamine B


分子量: 613.505 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H45FeN6O8
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.9 M NaCl, 100 mM imidazole, 250 mM Zn(OAc)2, 30 mg/mL FhuD2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: pseudo-merohedral / Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.33
反射解像度: 2.4→45 Å / Num. all: 54573 / Num. obs: 50153 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6402 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FKM

4fkm


解像度: 2.4→45 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2631 5.25 %random
Rwork0.1976 ---
obs0.2013 50142 91.74 %-
all-54573 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8124 0 264 478 8866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67311440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.083436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.44630.44221190.30392152X-RAY DIFFRACTION72
2.4463-2.49620.36921330.28782352X-RAY DIFFRACTION78
2.4962-2.55040.37951240.27742462X-RAY DIFFRACTION81
2.5504-2.60970.32791190.26832483X-RAY DIFFRACTION83
2.6097-2.67490.3521200.26482495X-RAY DIFFRACTION83
2.6749-2.74720.28781320.25442486X-RAY DIFFRACTION83
2.7472-2.82790.32461280.24142556X-RAY DIFFRACTION84
2.8279-2.91910.2711590.23482536X-RAY DIFFRACTION84
2.9191-3.02330.25891510.22622567X-RAY DIFFRACTION85
3.0233-3.14420.27871300.22612652X-RAY DIFFRACTION87
3.1442-3.2870.25481400.20792711X-RAY DIFFRACTION90
3.287-3.460.22921530.20392749X-RAY DIFFRACTION91
3.46-3.67630.21551570.17952819X-RAY DIFFRACTION93
3.6763-3.95930.18981220.16452907X-RAY DIFFRACTION96
3.9593-4.35630.16121530.15372897X-RAY DIFFRACTION95
4.3563-4.98330.15581590.14972880X-RAY DIFFRACTION95
4.9833-6.26560.17391330.17422954X-RAY DIFFRACTION96
6.2656-27.09650.21091790.2112936X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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