PDB-2q8q: Crystal Structure of S. aureus IsdE complexed with heme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q8q

タイトル

Crystal Structure of S. aureus IsdE complexed with heme

要素

Iron-regulated surface determinant E

キーワード

METAL TRANSPORT / helical backbone metal receptor superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

heme transport / cellular response to iron ion / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Murphy, M.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Heme Coordination by Staphylococcus aureus IsdE.
著者: Grigg, J.C. / Vermeiren, C.L. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2007年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q8q.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q8q.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q8pSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q8p-d 4fil-1 6nsi-d 5ysc-d 3emy-d 5y89-2 3c9x-d 1n4a-1 3chg-2 4fil-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-regulated surface determinant E

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.219, 64.219, 144.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Iron-regulated surface determinant E 分子量: 29690.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: isdA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A652
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM MES, 0.2M ammonium acetate, 28% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月12日詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 17270 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.363 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2Q8P

2q8p

解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.222 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25299	869	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20207	-	-	-
obs	0.20454	16264	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2076	0	43	246	2365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	2.041	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.715	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.595	25.914	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.652	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.539	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.562	1.5	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.888	2	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.546	3	952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.315	4.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	63	-
R_work	0.254	1182	-
obs	-	-	99.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4541	0.2421	0.4299	3.0939	0.3459	5.9627	-0.3005	0.077	0.1405	0.1236	0.0935	-0.2758	-0.4398	0.4382	0.2069	0.1051	-0.012	-0.0683	0.0537	0.003	0.0371	69.1016	50.4619	60.3705
2	3.0289	1.2127	1.6594	4.3891	0.7985	4.2957	-0.1804	0.4226	-0.0952	-0.5646	0.1723	-0.4697	-0.0425	0.8365	0.0081	0.0767	-0.0033	0.0892	0.1993	0.0035	0.0061	73.368	44.0323	48.6007
3	1.1236	0.2913	0.2632	0.8703	0.2331	1.3689	-0.0737	-0.0045	-0.2488	0.1311	0.0415	0.0287	0.1253	-0.0131	0.0322	0.1333	0.033	0.0161	0.0109	-0.025	0.0306	54.0517	34.9599	60.0654
4	49.4913	20.7974	4.5206	11.8007	3.4334	1.1814	1.0254	2.2705	-0.645	-0.4148	0.1652	1.4428	0.2661	-0.3748	-1.1906	0.5937	-0.2794	-0.1701	0.4231	-0.1294	0.4247	42.7143	31.0382	40.3205
5	4.6902	2.4143	-1.0519	4.7199	-0.611	3.7544	-0.1177	0.1314	0.4687	-0.1557	0.0045	0.2991	-0.545	-0.2244	0.1132	0.1121	0.0596	-0.06	0.0011	-0.0175	0.0367	44.0573	45.1522	47.3063
6	3.5702	0.288	0.1421	2.1759	-0.1244	3.6738	-0.0913	0.1208	0.1631	0.0453	-0.0163	0.3296	-0.2402	-0.3257	0.1076	0.0966	0.0525	-0.0027	-0.0443	-0.0343	0.0452	41.3582	42.6121	53.5834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	32 - 71	3 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	72 - 115	43 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	116 - 209	87 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	210 - 218	181 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	219 - 240	190 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	241 - 289	212 - 260

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関連情報:EMDBヘッダ

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