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- PDB-4ffe: The structure of cowpox virus CPXV018 (OMCP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffe
タイトルThe structure of cowpox virus CPXV018 (OMCP)
要素CPXV018 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral immune evasion proteins / structural genomics / NKG2D decoy ligand / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / secreted / NKG2D binding / FcRL5 binding
機能・相同性MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / CPXV018 protein
機能・相同性情報
生物種Cowpox virus (牛痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lazear, E. / Peterson, L.W. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Cowpox Virus-Encoded NKG2D Ligand OMCP.
著者: Lazear, E. / Peterson, L.W. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: CPXV018 protein
Y: CPXV018 protein
Z: CPXV018 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1963
ポリマ－54,1963
非ポリマー00
水2,954164
1
X: CPXV018 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0651
ポリマ－18,0651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: CPXV018 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0651
ポリマ－18,0651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
Z: CPXV018 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0651
ポリマ－18,0651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.173, 105.173, 108.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CPXV018 protein / OMCP / Orthopox virus MHC class I-like protein


分子量: 18065.223 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 20-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 株: Brighton Red / 遺伝子: CPXV018 CDS, OMCP / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q8QN43
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.9 M ammonium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 4.2.210.979
シンクロトロンALS 4.2.220.9792,0.9641
検出器
タイプID検出器日付
NOIR-11CCD2008年4月12日
NOIR-12CCD2008年4月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97921
30.96411
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 32729 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 30.86
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.335.30.4862.7329330.9588.8
2.33-2.425.40.40430440.96592.6
2.42-2.535.50.29932140.98396.9
2.53-2.676.10.22332701.09399.1
2.67-2.8370.15533331.043100
2.83-3.058.10.10733121.041100
3.05-3.369.30.06333550.931100
3.36-3.859.90.04133440.904100
3.85-4.859.90.03433940.8499.9
4.85-509.60.03135300.949100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→47.334 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2005 6.14 %
Rwork0.2137 --
obs0.2161 32644 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.33 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.71 Å2 / Biso mean: 50.1886 Å2 / Biso min: 18.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6027 Å20 Å2-0 Å2
2--4.6027 Å20 Å2
3----9.2054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 0 164 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6625271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2621422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.30590.38731290.29961954208388
2.3059-2.36820.35061360.2842019215592
2.3682-2.43790.35281370.2612066220393
2.4379-2.51660.30811390.25972138227797
2.5166-2.60650.29231460.25982188233499
2.6065-2.71090.32861390.246722112350100
2.7109-2.83420.29151440.238522272371100
2.8342-2.98370.2741440.235622352379100
2.9837-3.17050.28681480.23122272375100
3.1705-3.41530.25241450.21722292374100
3.4153-3.75890.25291470.198322462393100
3.7589-4.30250.1961440.17612236238099
4.3025-5.41940.211530.180222742427100
5.4194-47.34490.22211540.21123892543100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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