PDB-4few: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4few

タイトル

Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor pyrazolopyrimidine PP2

要素

Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / pyrazolopyrimidine / PP2 / protein kinase inhibitor / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. ...

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2012年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4few.cif.gz	686.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4few.ent.gz	569.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4few.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4few_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4few_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	4few_validation.xml.gz	71.2 KB	表示
CIF形式データ	4few_validation.cif.gz	100.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4few ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4few	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ej7SC 4feuC 4fevC 4fexC 4gkhC 4gkiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gkh-9 4gkh-3 4gki-5 3d2y-d 4gki-12 2wkx-d 4fev-1 2bh7-d 3d2z-d 2yl5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91191

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

194 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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2

B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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32.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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32.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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32.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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6

F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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32.3 kDa, 1 ポリマー
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7

A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 2 ポリマー
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8

C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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64.5 kDa, 2 ポリマー
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9

E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

ヘテロ分子

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64.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.280, 93.579, 96.399
Angle α, β, γ (deg.)	61.22, 73.18, 87.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB 分子量: 31350.404 Da / 分子数: 6 / 断片: APHA1-IAB / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase

#1: タンパク質

Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB

分子量: 31350.404 Da / 分子数: 6 / 断片: APHA1-IAB / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase

-
非ポリマー , 7種, 1198分子

#2: 化合物	ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン分子量: 484.499 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆N₄O₁₁ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PP2 / 1-TERT-BUTYL-3-(4-CHLORO-PHENYL)-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-4-YLAMINE 分子量: 302.782 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇ClN₅
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 14% PEG3350, 3% DMSO, 2 mM kanamycin, 3 mM PP2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月21日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射	モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→23.899 Å / Num. obs: 115884 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19.26
反射シェル	解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.146 / R_sym value: 0.405 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EJ7

4ej7

解像度: 1.98→23.899 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	5461	4.93 %
R_work	0.1569	-	-
obs	0.1598	111054	92.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.983 Å²	-1.5001 Å²	1.8192 Å²
2-	-	-1.5059 Å²	3.4485 Å²
3-	-	-	-2.4771 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→23.899 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12580	0	370	1170	14120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13509
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	18432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.691	4999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0025	0.3404	296	0.251	5811	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0025-2.026	0.2901	313	0.2286	6016	X-RAY DIFFRACTION	82
2.026-2.0507	0.2703	324	0.2243	6144	X-RAY DIFFRACTION	83
2.0507-2.0767	0.2971	309	0.2124	6237	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0767-2.104	0.295	321	0.2107	6335	X-RAY DIFFRACTION	85
2.104-2.1328	0.2505	288	0.1981	6332	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1328-2.1632	0.261	341	0.191	6444	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1632-2.1955	0.2858	353	0.1879	6566	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1955-2.2298	0.2481	332	0.1788	6444	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2298-2.2663	0.2453	345	0.1826	6584	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2663-2.3054	0.2695	362	0.183	6771	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3054-2.3473	0.2694	353	0.1753	6661	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3473-2.3924	0.2405	357	0.1693	6780	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3924-2.4411	0.2221	329	0.1592	6758	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4411-2.4942	0.2175	388	0.1599	6971	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4942-2.5521	0.2116	332	0.1672	6877	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5521-2.6159	0.2521	366	0.1572	7009	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6159-2.6865	0.216	369	0.16	6937	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6865-2.7655	0.2184	372	0.1661	7009	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7655-2.8546	0.2538	359	0.1648	7115	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8546-2.9564	0.2418	381	0.1632	6990	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9564-3.0746	0.2286	365	0.1658	7120	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0746-3.2142	0.2378	381	0.1673	7290	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2142-3.3832	0.2166	360	0.1541	7121	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3832-3.5945	0.2088	381	0.1495	7295	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5945-3.871	0.1813	368	0.1258	7219	X-RAY DIFFRACTION	98
3.871-4.2585	0.179	377	0.1214	7201	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2585-4.8702	0.1525	368	0.1167	7308	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8702-6.1189	0.1972	383	0.1478	7206	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1189-23.9011	0.1697	385	0.15	7180	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1211	0.1566	0.5337	1.7161	0.4977	2.7611	0.0896	-0.3415	-0.2627	-0.0572	0.0252	0.7332	-0.0747	-0.6163	-0.0645	0.1756	0.0214	-0.0197	0.3239	0.1015	0.4641	-25.9764	-18.1255	-12.7393
2	1.363	-0.4107	-0.125	1.3172	0.5392	2.3931	-0.0093	-0.0506	-0.1431	-0.0128	0.031	0.1302	0.2259	0.1119	-0.0244	0.1447	-0.0017	0.0038	0.1376	0.0495	0.1704	-2.8732	-29.3258	-16.3079
3	2.8911	0.2502	0.8686	2.0686	0.8435	4.2604	-0.0465	-0.4256	-0.0064	0.1986	0.0351	0.7302	-0.447	-0.7743	0.0935	0.2791	0.1107	0.122	0.3769	0.1011	0.4381	-24.9004	-5.3134	-4.9915
4	1.1743	-0.084	-0.0951	4.5986	-0.5363	1.946	0.0041	-0.1673	0.2336	0.224	0.1618	-0.0071	-0.4751	0.0796	-0.1547	0.2966	-0.0324	0.0378	0.1985	-0.0308	0.2218	-2.6151	7.7141	-7.7336
5	1.5491	-1.4085	-0.714	3.3887	-1.172	4.5345	-0.0127	0.0633	-0.0055	0.0586	0.0815	0.3603	-0.1181	-0.4527	-0.0658	0.205	-0.0535	-0.0419	0.1631	-0.0418	0.2683	-5.2593	-60.031	-29.1836
6	1.1988	0.165	-0.302	1.5118	-0.5627	2.343	-0.0537	-0.1417	0.0202	0.2933	-0.0362	-0.1445	-0.0372	0.2412	0.0806	0.2412	0.0042	-0.0641	0.1459	-0.0222	0.1783	15.7737	-58.8	-18.9386
7	2.459	-0.2254	-1.6951	2.4019	-0.543	3.5821	0.0198	0.4417	-0.1191	-0.278	-0.1031	0.2826	0.1868	-0.5096	0.0911	0.235	0.0051	-0.0843	0.2188	-0.0241	0.2786	-3.5616	-62.45	-46.0318
8	1.1608	-0.1429	0.2155	1.4453	0.4218	2.7711	-0.0482	0.0977	0.0752	0.0536	-0.0047	-0.1796	0.03	0.2304	0.0587	0.1221	0.0057	0.0159	0.178	0.025	0.1598	19.3488	-72.3819	-54.0778
9	2.6047	-0.0977	2.8106	3.3244	-0.6207	3.319	0.123	-0.0979	-0.1025	-0.2532	0.0692	0.3817	0.1749	-0.175	-0.1862	0.1741	0.0108	0.0482	0.2275	0.0427	0.1697	11.7299	-53.9665	13.3434
10	1.2899	0.1519	-0.1024	3.0622	-0.9567	1.978	0.0383	0.2585	0.0172	-0.5152	-0.0217	-0.0215	0.26	0.1666	-0.0278	0.2631	0.022	0.0097	0.2637	0.0102	0.1169	34.038	-47.7999	7.9955
11	2.1267	-1.1432	1.3773	3.3737	0.4156	2.1129	0.0255	-0.4326	-0.4177	0.4413	0.14	0.4653	0.3486	-0.4703	-0.1454	0.3019	-0.0771	0.0219	0.3124	0.0728	0.2536	12.4025	-67.4421	23.4408
12	1.1317	0.16	-0.0704	2.8994	-0.6431	1.773	0.0655	0.0045	-0.0652	-0.046	-0.078	-0.1492	0.0102	0.1159	0.005	0.1211	0.0065	0.0031	0.1523	0.0156	0.135	34.6039	-71.5198	37.4829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 103:271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 1:102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 103:271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resid 1:102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 103:271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and resid 1:102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and resid 103:271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain E and resid 1:102
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain E and resid 103:271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain F and resid 1:102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain F and resid 103:271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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