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- PDB-4fev: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fev
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, with substrate kanamycin and small molecule inhibitor pyrazolopyrimidine PP1
要素Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / pyrazolopyrimidine / PP1 / protein kinase inhibitor / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / KANAMYCIN A / Chem-PP1 / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Spanogiannopoulos, P. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,94826
ポリマ－186,1336
非ポリマー4,81520
水25,2931404
1
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8114
ポリマ－31,0221
非ポリマー7893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8114
ポリマ－31,0221
非ポリマー7893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7883
ポリマ－31,0221
非ポリマー7662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8936
ポリマ－31,0221
非ポリマー8715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8114
ポリマ－31,0221
非ポリマー7893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8345
ポリマ－31,0221
非ポリマー8124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6228
ポリマ－62,0442
非ポリマー1,5786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
8
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
D: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6819
ポリマ－62,0442
非ポリマー1,6377
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
9
E: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
F: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6459
ポリマ－62,0442
非ポリマー1,6017
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.571, 94.217, 96.878
Angle α, β, γ (deg.)61.12, 73.09, 87.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB


分子量: 31022.139 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase

-
非ポリマー , 5種, 1424分子

#2: 化合物
ChemComp-KAN / KANAMYCIN A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PP1 / 1-TER-BUTYL-3-P-TOLYL-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-4-YLAMINE


分子量: 281.356 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N5
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 18% PEG3350, 2% DMSO, 2 mM kanamycin, 3 mM PP1, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月2日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→20 Å / Num. obs: 132466 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 27.48
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.024 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EJ7

4ej7


解像度: 1.89→19.969 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 1972 1.54 %
Rwork0.1536 --
obs0.1543 128187 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.3554 Å2-0.9489 Å21.2442 Å2
2--8.7214 Å21.974 Å2
3---9.3457 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12576 0 335 1404 14315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13118454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4695002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8901-1.95760.27131740.203311335X-RAY DIFFRACTION85
1.9576-2.03590.26031780.182411995X-RAY DIFFRACTION90
2.0359-2.12850.21621860.164512275X-RAY DIFFRACTION92
2.1285-2.24060.24471970.158612521X-RAY DIFFRACTION94
2.2406-2.38070.18672080.156812720X-RAY DIFFRACTION95
2.3807-2.56420.24191970.163512857X-RAY DIFFRACTION96
2.5642-2.82160.22512030.172512975X-RAY DIFFRACTION97
2.8216-3.22840.23192020.166813188X-RAY DIFFRACTION98
3.2284-4.06190.17432100.139213162X-RAY DIFFRACTION99
4.0619-19.97030.17562170.133613187X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78620.2350.19131.40470.2142.0970.1539-0.1918-0.1582-0.25280.13340.9092-0.2739-0.48830.0745-0.35080.1033-0.00120.19680.13720.3946-25.8255-18.0717-13.6363
21.0425-0.3302-0.2031.27380.37041.7564-0.0193-0.0134-0.08640.0205-0.00150.09570.13450.06230.00340.0253-0.00110.0040.03750.02310.0721-3.0402-28.6259-17.4229
32.40310.3810.51511.4890.20742.6326-0.0043-0.22730.21830.1780.08120.6697-0.4864-0.44890.08090.22560.10140.1030.19090.04170.3412-24.5973-4.8449-6.4321
40.7283-0.1542-0.00252.7855-0.25941.26750.0147-0.07850.10850.32640.0648-0.0526-0.4071-0.0052-0.05930.2622-0.01160.04750.0786-0.01590.1492-2.74828.5328-8.4576
51.0994-0.475-0.52822.7288-0.19972.17560.00080.03970.03570.02850.02610.3449-0.1649-0.2233-0.01780.1155-0.0493-0.03170.063-0.02590.1362-5.5723-59.2644-29.7471
60.9638-0.1266-0.25581.0531-0.23091.4241-0.041-0.13710.0310.2079-0.0385-0.11030.00630.1710.00260.1341-0.0144-0.07820.0724-0.03140.063515.8254-58.2686-19.7455
72.0417-0.2035-0.88092.0749-0.37031.91160.05020.3884-0.0454-0.3271-0.14340.29060.0496-0.36040.05650.15440.0143-0.08620.1696-0.0390.1645-4.2168-61.7994-46.6457
80.85070.02220.08871.21630.34552.0573-0.00410.0460.03710.05070.0141-0.14660.06760.1384-0.01130.03890.00550.01920.09250.00140.058519.3503-71.9503-55.2191
91.6227-0.40311.54012.2625-0.15222.52830.06310.0413-0.0454-0.3155-0.00160.2540.097-0.1112-0.03860.1068-0.00410.00150.14270.01890.084611.5645-53.387310.7874
101.41320.3088-0.03961.718-0.37241.64690.00520.20340.1295-0.31850.04020.02150.19640.0689-0.0340.12490.03210.00610.1270.0175-0.005534.1538-47.07577.2855
112.6551-1.2547-0.25843.12630.2412.17850.0883-0.4822-0.68910.57630.27970.65870.648-0.9071-0.12290.3478-0.2004-0.01850.47690.23930.131312.0749-69.975826.53
120.7429-0.023-0.20851.8656-0.47211.58050.0296-0.0149-0.016-0.0817-0.0221-0.1151-0.01360.0792-0.01130.0401-0.01190.00580.07410.01370.051135.0204-71.387236.5773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:102
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 103:271
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 1:102
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 103:271
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and resid 1:102
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and resid 103:271
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and resid 1:102
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resid 103:271
9X-RAY DIFFRACTION9chain E and resid 1:102
10X-RAY DIFFRACTION10chain E and resid 103:271
11X-RAY DIFFRACTION11chain F and resid 1:102
12X-RAY DIFFRACTION12chain F and resid 103:271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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