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万見
- PDB-2iez: Crystal Structure of mouse Rab27b bound to GDP in monoclinic spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iez
タイトルCrystal Structure of mouse Rab27b bound to GDP in monoclinic space group
要素Ras-related protein Rab-27B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rab27 / GTPase / Rab / GDP / swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Platelet degranulation / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle / multivesicular body membrane / Golgi stack ...RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Platelet degranulation / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle / multivesicular body membrane / Golgi stack / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / axon cytoplasm / small monomeric GTPase / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome / melanosome / G protein activity / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Rab27a/b / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain ...Rab27a/b / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-27B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of the small GTPase Rab27b shows an unexpected swapped dimer
著者: Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2006年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年4月11日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-27B
B: Ras-related protein Rab-27B
H: Ras-related protein Rab-27B
I: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,80512
ポリマ－98,8724
非ポリマー1,9338
水68538
1
A: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2013
ポリマ－24,7181
非ポリマー4832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2013
ポリマ－24,7181
非ポリマー4832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2013
ポリマ－24,7181
非ポリマー4832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2013
ポリマ－24,7181
非ポリマー4832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Ras-related protein Rab-27B
B: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4026
ポリマ－49,4362
非ポリマー9674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA, PQS
6
H: Ras-related protein Rab-27B
I: Ras-related protein Rab-27B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4026
ポリマ－49,4362
非ポリマー9674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.496, 63.348, 80.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B and chain H and chain I)

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-27B


分子量: 24717.943 Da / 分子数: 4 / 断片: soluble domain / 変異: Q78L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)LysS / 参照: UniProt: Q99P58, small monomeric GTPase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: MPD, CaCl2, Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→84.21 Å / Num. obs: 20069 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.019
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Num. unique all: 1770 / % possible all: 76.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å35.64 Å
Translation4 Å35.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IEY

2iey


解像度: 2.8→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.815 / SU B: 23.271 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.618 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36315 952 5.1 %RANDOM
Rwork0.2623 ---
obs0.26743 17648 87.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å20 Å2-0.06 Å2
2--2.59 Å20 Å2
3----5.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5600 0 116 38 5754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225826
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1891.9837878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7135682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3424.124291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.044151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.571542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4781.53525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84925496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88432663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4754.52382
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 64 -
Rwork0.288 1249 -
all-1313 -
obs--83.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3693-0.35830.68740.3476-0.6671.2796-0.02470.40050.434-0.2602-0.16110.3552-0.047-0.30210.18580.1505-0.14180.07890.0802-0.1392-0.0778-23.8908-52.817124.3624
22.88632.011.06171.91373.180211.9843-0.2927-0.20030.3072-0.0830.04410.19510.35950.07140.2485-0.05730.07930.0241-0.7060.1386-0.237-50.0889-21.29320.433
30.9045-1.0308-2.67491.37762.223311.2704-0.6174-0.58691.16440.15260.5566-0.16550.7493-0.65220.0607-0.3026-0.02790.07470.3819-0.2574-0.0304-9.4014-12.745221.9492
42.54761.7848-1.72456.2375-2.40516.35330.11790.17270.25140.3205-0.1564-0.168-0.15590.01420.0385-0.283-0.035-0.0615-0.2947-0.0697-0.4519-30.2086-27.8179-10.3406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 3013 - 32
2X-RAY DIFFRACTION1AA94 - 18596 - 187
3X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 3013 - 32
4X-RAY DIFFRACTION2BB94 - 18596 - 187
5X-RAY DIFFRACTION3HC11 - 3013 - 32
6X-RAY DIFFRACTION3HC94 - 18596 - 187
7X-RAY DIFFRACTION4ID11 - 3013 - 32
8X-RAY DIFFRACTION4ID94 - 18596 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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