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- PDB-4f9t: Ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus with substitution ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f9t
タイトルRibosomal protein L1 from Thermus thermophilus with substitution Thr217Ala
要素50S ribosomal protein L1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Rossmann fold / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein ...Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Kljashtorny, V.G. / Volchkov, S.A. / Nikonova, E.Y. / Kostareva, O.S. / Tishchenko, S.V. / Nevskaya, N.A. / Nikonov, S.V.
引用ジャーナル: MOL.BIOL.(MOSCOW) / 年: 2007
タイトル: [Crystal structures of mutant ribosomal proteins L1].
著者: Nikonova, E.I.u. / Volchkov, S.A. / Kliashtornyi, V.G. / Tishchenko, S.V. / Kostareva, O.S. / Nevskaia, N.A. / Nikonov, O.S. / Gabdulkhakov, A.G. / Nikulin, A.D. / Davydova, N.L. / ...著者: Nikonova, E.I.u. / Volchkov, S.A. / Kliashtornyi, V.G. / Tishchenko, S.V. / Kostareva, O.S. / Nevskaia, N.A. / Nikonov, O.S. / Gabdulkhakov, A.G. / Nikulin, A.D. / Davydova, N.L. / Strel'tsov, V.A. / Garber, M.B. / Nikonov, S.V.
履歴
登録2012年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,27115
ポリマ－24,8381
非ポリマー1,43314
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.940, 62.120, 43.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-409-

HOH

21A-411-

HOH

31A-548-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24837.674 Da / 分子数: 1 / 変異: T217A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27150
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE,INITIALLY AT PH 10 5% (V/V)METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE,INITIALLY AT PH 10 5% (V/V)METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月2日 / 詳細: COLLIMATOR 0.3X0.3
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→20 Å / Num. all: 38935 / Num. obs: 38090 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.46→1.6 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 8632 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XPLANデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.895 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20246 1916 5 %RANDOM
Rwork0.16366 ---
all0.166 38935 --
obs0.16561 36430 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 82 305 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4282.022964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.25291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.8582390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.05315395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8231520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2481.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3191.21389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1841.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2421.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1941.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.53521335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.29632112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.4942904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.0873829
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.58932239
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.7573314
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.10132120
LS精密化 シェル解像度: 1.463→1.501 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 124 -
Rwork0.252 2488 -
obs--93.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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