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- PDB-1ojq: The crystal structure of C3stau2 from S. aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ojq
タイトルThe crystal structure of C3stau2 from S. aureus
要素ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Evans, H.R. / Sutton, J.M. / Holloway, D.E. / Ayriss, J. / Shone, C.C. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of C3Stau2 from Staphylococcus Aureus and its Complex with Nad
著者: Evans, H.R. / Sutton, J.M. / Holloway, D.E. / Ayriss, J. / Shone, C.C. / Acharya, K.R.
履歴
登録2003年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6671
ポリマ－23,6671
非ポリマー00
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.616, 64.525, 74.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-RIBOSYLTRANSFERASE


分子量: 23666.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ADS9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE BUFFER PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18.72-10.25 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.4-6.6
329-30 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 22478 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.68 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 409845 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→50 Å / Num. parameters: 7863 / Num. restraintsaints: 6859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: CNS (BRUNGER ET AL) WAS USED IN THE INITIAL STAGES OF REFINEMENT. RESIDUES 197-199 ARE SLIGHTLY DISORDERED AND MODELLED ON THE BASIS OF WEAK DENSITY. THE EXTREMITIES OF SIDE CHAINS 85, 94,170 ...詳細: CNS (BRUNGER ET AL) WAS USED IN THE INITIAL STAGES OF REFINEMENT. RESIDUES 197-199 ARE SLIGHTLY DISORDERED AND MODELLED ON THE BASIS OF WEAK DENSITY. THE EXTREMITIES OF SIDE CHAINS 85, 94,170 AND 200 HAVE BEEN MODELLED AT ZERO OCCUPENCY DUE TO INSUFFICIENT DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 872 -RANDOM
obs0.17 -99.5 %-
all-22327 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum non hydrogen: 1934.98
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 0 284 1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0271
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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