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Yorodumi- PDB-4f21: Crystal structure of carboxylesterase/phospholipase family protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f21 | ||||||
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Title | Crystal structure of carboxylesterase/phospholipase family protein from Francisella tularensis | ||||||
Components | Carboxylesterase/phospholipase family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / carboxylesterase / phospholipase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kuhn, M. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Kiryukhina, O. / Becker, D.P. / Armoush, N. ...Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kuhn, M. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J.R. / Kiryukhina, O. / Becker, D.P. / Armoush, N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Large scale structural rearrangement of a serine hydrolase from Francisella tularensis facilitates catalysis. Authors: Filippova, E.V. / Weston, L.A. / Kuhn, M.L. / Geissler, B. / Gehring, A.M. / Armoush, N. / Adkins, C.T. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / Winsor, J.R. / Lavis, L.D. / Satchell, ...Authors: Filippova, E.V. / Weston, L.A. / Kuhn, M.L. / Geissler, B. / Gehring, A.M. / Armoush, N. / Adkins, C.T. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / Winsor, J.R. / Lavis, L.D. / Satchell, K.J. / Becker, D.P. / Anderson, W.F. / Johnson, R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f21.cif.gz | 678.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f21.ent.gz | 562 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f21.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f21 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1fj2S S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27439.318 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: FTT_0258 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-Magic References: UniProt: Q5NI32, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases #2: Chemical | ChemComp-0S1 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, 17% PEG10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2011 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. all: 58087 / Num. obs: 58087 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2970 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1FJ2 Resolution: 2.5→29.458 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.74 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.632 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→29.458 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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