PDB-4f1n: Crystal structure of Kluyveromyces polysporus Argonaute with a gu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f1n

タイトル

Crystal structure of Kluyveromyces polysporus Argonaute with a guide RNA

要素

KpAGO
RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Argonaute / RNAi / RNAse H / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vanderwaltozyma polyspora (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.187 Å

データ登録者

Nakanishi, K. / Weinberg, D.E. / Bartel, D.P. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of yeast Argonaute with guide RNA.
著者: Nakanishi, K. / Weinberg, D.E. / Bartel, D.P. / Patel, D.J.

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f1n.cif.gz	740.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f1n.ent.gz	597.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f1n_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f1n_full_validation.pdf.gz	520.9 KB	表示
XML形式データ	4f1n_validation.xml.gz	62.2 KB	表示
CIF形式データ	4f1n_validation.cif.gz	86.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/4f1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6kr4-2 3iay-d 5iud-4 4fyd-1 5iud-1 5gqh-d 2ox5-d 4s2r-d 1143 6z81-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: KpAGO

E: RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'

B: KpAGO

F: RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'

241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: KpAGO

E: RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: KpAGO

F: RNA 5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.553, 171.553, 83.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 221:282 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 221:282 )
1	1	2	chain 'A' and (resseq 302:350 )
2	1	2	chain 'B' and (resseq 302:350 )
1	1	3	chain 'A' and (resseq 388:542 )
2	1	3	chain 'B' and (resseq 388:542 )
1	1	4	chain 'A' and (resseq 659:709 )
2	1	4	chain 'B' and (resseq 659:709 )
1	1	5	chain 'A' and (resseq 722:837 )
2	1	5	chain 'B' and (resseq 721:836 )
1	1	6	chain 'A' and (resseq 865:1219 )
2	1	6	chain 'B' and (resseq 866:1219 )
1	1	7	chain 'A' and (resseq 1230:1251 )
2	1	7	chain 'B' and (resseq 1230:1251 )
1	1	8	chain 'E' and (resseq 1:9)
2	1	8	chain 'F' and (resseq 1:9)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	KpAGO 分子量: 117800.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (菌類) / 株: ATCC 22028 / DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_520p25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TMA9
#2: RNA鎖	RNA 5'-R(PUPAPAPAPAPAPAPAPA)-3' 分子量: 2894.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora* (菌類) / 株: ATCC 22028 / DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_520p25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	THE RNA WAS CO-PURIFIED WITH THE RECOMBINANT PROTEIN DURING THE OVEREXPRESSION IN E. COLI. OUR ...THE RNA WAS CO-PURIFIED WITH THE RECOMBINANT PROTEIN DURING THE OVEREXPRESSION IN E. COLI. OUR SEQUENCE ANALYSES FOR THE BOUND RNAS REVEALED THAT THEY ORIGINATED FROM MRNAS TRANSCRIBED FROM THE EXPRESSION VECTOR AND FROM E. COLI GENOME (THE STRAIN IS BL21(DE3)ROSETTA2)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 5 詳細: 100 mM MIB pH 5.0, 3% 1,4-dioxane, 19% PEG3350, 12 mM MnCl2, and 3% ethanol, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.187→50 Å / Num. obs: 45536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 12.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.187→38.119 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	1994	4.39 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1705	45435	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 19.409 Å² / k_sol: 0.309 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0524 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.0524 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.187→38.119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14034	358	0	34	14426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.347	20024
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.055	5541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2500

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	505	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	505	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
2	1	A	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
3	1	A	1236	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	1236	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
4	1	A	402	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	402	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
5	1	A	909	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	909	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
6	1	A	2797	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	2797	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
7	1	A	178	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	178	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
8	1	E	179	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	F	179	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.187-3.3012	0.3237	202	0.2332	4196	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3012-3.4333	0.2598	206	0.2018	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4333-3.5894	0.2418	203	0.1844	4351	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5894-3.7785	0.248	206	0.1782	4391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7785-4.015	0.2313	185	0.163	4359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.015-4.3246	0.1939	210	0.1294	4378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3246-4.7591	0.1381	187	0.115	4371	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7591-5.446	0.1965	199	0.1422	4371	X-RAY DIFFRACTION	100
5.446-6.8549	0.2195	193	0.1865	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8549-38.1219	0.1997	203	0.2017	4302	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7474	0.0869	-0.3122	1.022	-0.2878	0.8915	-0.0158	0.1545	-0.1436	-0.1019	-0.0301	-0.0944	0.2449	-0.0004	-0.0243	0.0648	0.0036	-0.0527	0.0822	-0.0629	0.0738	99.6553	21.4454	-20.2741
2	5.9203	-0.6256	0.3824	5.0301	-1.7887	1.1572	-0.1173	0.8305	0.1546	-0.222	-0.1453	-1.5157	0.1382	0.4411	0.0028	0.4464	0.1006	0.1423	0.3294	-0.0213	0.6883	117.2963	7.5789	-31.6441
3	2.1759	0.0303	-0.7636	0.9161	0.316	1.4554	0.2537	0.1576	0.2822	-0.4595	-0.1116	-0.6327	-0.1631	0.4892	-0.196	0.3337	0.1501	0.2329	0.4153	0.1156	0.4526	125.7622	39.5101	-43.6302
4	0.5504	0.0848	0.2205	0.5679	0.0579	0.7156	0.1189	-0.0074	-0.0966	0.1223	0.0615	-0.1969	0.0661	0.0734	-0.0145	0.0468	-0.0126	-0.0125	0.0155	0.0296	-0.0584	103.5866	34.1606	3.1871
5	1.2459	0.2871	-0.125	1.0554	-0.0385	1.0919	0.0135	0.0252	0.2277	-0.0566	0.0398	-0.2975	-0.2113	0.2759	0.0051	0.0632	-0.1364	-0.0453	0.1059	-0.0096	0.2416	121.2074	57.7277	0.6156
6	1.1996	-0.3196	-0.467	0.9503	-0.1659	1.5165	-0.1666	-0.1436	-0.1991	0.2211	0.0071	-0.1698	0.2273	0.2497	0.0142	0.1299	0.0237	-0.0383	0.0502	0.0185	0.128	190.1728	74.8197	22.6148
7	2.8976	-1.1365	-0.9878	2.3595	0.9519	2.4343	-0.2384	-0.1854	-0.7729	0.1898	-0.147	0.7323	0.2162	-0.3371	0.2305	0.2739	0.1506	0.2027	0.2543	0.0759	0.4545	195.4183	52.9732	33.6162
8	1.0113	0.2406	-0.2824	3.3092	-0.985	1.3759	-0.2101	-0.1099	-0.177	0.2539	0.3588	0.62	0.1406	-0.2926	-0.2402	0.5096	0.0741	0.2164	0.1841	0.1339	0.3115	162.6851	63.0293	41.7592
9	0.8763	-0.2433	0.2957	0.8763	-0.0837	0.7116	0.2027	0.247	-0.2825	-0.2693	-0.0637	-0.0253	0.2477	0.0515	-0.0189	0.1796	0.0939	-0.0043	0.0197	0.0147	0.0076	178.0417	76.2857	-1.7914
10	1.3567	0.0568	0.1258	0.7911	0.1108	0.8419	0.0182	-0.1089	-0.2177	-0.0589	-0.0014	0.2464	0.1742	-0.3571	-0.005	0.0971	-0.1261	-0.1636	0.241	0.0399	0.146	149.049	70.7535	-0.1257
11	0.052	0.0076	0.0148	0.0053	-0.0017	0.0172	0.0015	0.0133	-0.0198	-0.0004	0.0047	-0.0081	0.0037	0.006	-0.0239	0.0239	0.0045	-0.0223	0.0171	-0.0258	0.0423	107.9276	44.3556	-10.4682
12	0.0232	-0.0161	0.0242	0.0253	-0.0034	0.0388	0.0017	-0.0037	-0.012	-0.0339	-0.0021	0.0531	0.0049	-0.0277	-0.0853	0.0253	0.0448	-0.0533	0.0631	0.015	0.0841	166.5308	76.7295	11.6021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 217:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:712 ) )	A	217 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 217:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:712 ) )	A	396 - 494
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 217:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:712 ) )	A	671 - 712
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 275:395 )	A	275 - 395
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 495:670 )	A	495 - 670
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND ( RESID 722:773 OR RESID 947:1251 ) )	A	722 - 773
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND ( RESID 722:773 OR RESID 947:1251 ) )	A	947 - 1251
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 774:946 )	A	774 - 946
9	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 220:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:710 ) )	B	220 - 274
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 220:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:710 ) )	B	396 - 494
11	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND ( RESID 220:274 OR RESID 396:494 OR RESID 671:710 ) )	B	671 - 710
12	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 275:395 )	B	275 - 395
13	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 495:670 )	B	495 - 670
14	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND ( RESID 722:773 OR RESID 947:1251 ) )	B	722 - 773
15	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND ( RESID 722:773 OR RESID 947:1251 ) )	B	947 - 1251
16	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 774:946 )	B	774 - 946
17	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 1:9 )	E	1 - 9
18	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 1:9 )	F	1 - 9

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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