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万見
- PDB-5gqh: Cryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gqh
タイトルCryo-EM structure of PaeCas3-AcrF3 complex
要素
  • CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
  • anti-CRISPR protein 3
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CRISPR/Cas system anti-CRISPR proteins Cas3 AcrF3 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / Cas3, HD domain / : / CRISPR-associated Cas3-type HD domain ...: / Cas3 inhibitor AcrF3 / Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / Cas3, HD domain / : / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / HD Cas3-type domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage protein / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zhang, X. / Ma, J. / Wang, Y. / Wang, J.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: A CRISPR evolutionary arms race: structural insights into viral anti-CRISPR/Cas responses.
著者: Jiuyu Wang / Jun Ma / Zhi Cheng / Xu Meng / Lilan You / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang /
履歴
登録2016年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / em_image_scans / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9535
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
B: anti-CRISPR protein 3
C: anti-CRISPR protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5053
ポリマ－154,5053
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST / type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3


分子量: 122892.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cas3 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q02ML8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 anti-CRISPR protein 3 / AcrF3 / Uncharacterized protein


分子量: 15806.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
遺伝子: JBD5_035 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7R7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PaeCas3-AcrF3 complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2type I-F CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3COMPLEX#11RECOMBINANT
3anti-CRISPR protein 3 (AcrF3)COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)287
23Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)1223261
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
12Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET
23Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pET
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 78904 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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