PDB-4ex5: Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase LysRS from Burkholderi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ex5

タイトル

Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase LysRS from Burkholderia thailandensis bound to lysine

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / aminoacyl-tRNA synthetase / lysine tRNA ligase / protein synthesis / ATP-depenedent / tRNAlys / class IIb tRNA synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Ligand co-crystallization of aminoacyl-tRNA synthetases from infectious disease organisms.
著者: Moen, S.O. / Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Sharma, A. / Manoil, C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D.

履歴

登録	2012年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ex5.cif.gz	391.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ex5.ent.gz	317.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ex5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ex5_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ex5_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	4ex5_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	4ex5_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4ex5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4ex5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sp1C 3tzeC 4e51C 4g6zC 4griC 1bbuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1e1t-1 1e1o-1 6wbd-d 5yzx-1 1bbu-1 1lyl-2 6kbf-d 6ilh-d 7ea9-1 6dms-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: ButhA.00612.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.220, 118.540, 94.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 601 / Label seq-ID: 36

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - C
2	B	B - D

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS 分子量: 59590.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: BTH_I1883, lysS / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2SXD6, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ButhA.00612.a.A1 PS01208 at 18.9 mg/mL against Morpheus H5, 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MOPS/Hepes, 20 mM glutamate, 20 mM alanine, 20 mM glycine, 20 mM serine, 20 mM lysine, ...詳細: ButhA.00612.a.A1 PS01208 at 18.9 mg/mL against Morpheus H5, 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MOPS/Hepes, 20 mM glutamate, 20 mM alanine, 20 mM glycine, 20 mM serine, 20 mM lysine, crystal tracking ID 232983h5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.98 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ButhA.00612.a.A1 PS01208 at 18.9 mg/mL against Morpheus H5, 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.1 M MOPS/Hepes, 20 mM glutamate, 20 mM alanine, 20 mM glycine, 20 mM serine, 20 mM lysine, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 68404 / Num. obs: 67117 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.185 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46		0.468	2.27	11805	4821	96.1
2.46-2.53		0.38	2.89	12805	4849	98.8
2.53-2.6		0.32	3.45	12720	4753	99.4
2.6-2.68		0.28	3.82	12502	4595	99.2
2.68-2.77		0.24	4.47	12459	4499	99.5
2.77-2.87		0.204	5.34	12272	4339	99.4
2.87-2.98		0.162	6.61	11884	4140	99
2.98-3.1		0.14	7.52	11513	4004	99.3
3.1-3.24		0.107	9.4	11117	3849	99.1
3.24-3.39		0.091	10.62	10586	3664	99
3.39-3.58		0.097	10.36	9959	3466	97.7
3.58-3.79		0.06	17.42	9376	3263	97.8
3.79-4.06		0.059	16.08	8884	3063	97.5
4.06-4.38		0.039	23.22	8268	2849	97.1
4.38-4.8		0.034	26.44	7614	2628	97.2
4.8-5.37		0.036	25.08	7025	2384	97.3
5.37-6.2		0.044	21.07	6293	2109	96.6
6.2-7.59		0.039	23.32	5228	1751	96.6
7.59-10.73		0.026	33.39	4095	1363	93.9
	10.73	0.025	36.89	2129	728	89.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	45.76 Å
Translation	3 Å	45.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1bbu

1bbu

解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.2906 / WR_factor R_work: 0.2532 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.739 / SU B: 10.223 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.3455 / SU R_free: 0.2829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2228	3401	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1892	-	-	-
obs	0.1909	67095	98.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.17 Å² / B_iso mean: 32.9777 Å² / B_iso min: 9.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0.86 Å²
2-	-	-1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7588	0	20	461	8069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.444	1.964	10562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.103	3	12841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.826	23.298	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.361	15	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.592	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1683

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17714 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.09 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	248	-
R_work	0.281	4478	-
all	-	4726	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2315	0.2781	-0.0269	0.5922	-0.16	0.1509	0.0186	0.0104	-0.0763	-0.0269	-0.0265	-0.0649	-0.0128	0.0123	0.0079	0.0278	0.0054	-0.0032	0.038	-0.0144	0.0732	-21.8066	16.5059	-6.5028
2	0.6067	0.2293	-0.1441	0.4998	-0.0501	0.0369	0.0834	-0.0565	0.0139	0.1663	-0.0873	-0.0171	-0.0255	0.0117	0.0039	0.0969	-0.0566	-0.0217	0.0579	-0.005	0.0212	-23.951	31.2305	12.4408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 506
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	701 - 958
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 506
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	701 - 903

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