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- PDB-4etr: X-ray structure of PA2169 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4etr
タイトルX-ray structure of PA2169 from Pseudomonas aeruginosa
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / DUF2383 / domain of unknown function / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP02284 / Uncharacterised conserved protein UCP029477 / Domain of unknown function DUF2383 / Domain of unknown function (DUF2383) / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF2383 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Schnell, R. / Sandalova, T. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The AEROPATH project targeting Pseudomonas aeruginosa: crystallographic studies for assessment of potential targets in early-stage drug discovery.
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / Naismith, J.H. / Schneider, G.
履歴
登録2012年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3042
ポリマ－34,3042
非ポリマー00
水37821
1
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1521
ポリマ－17,1521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1521
ポリマ－17,1521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.576, 71.219, 48.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17152.094 Da / 分子数: 2 / 断片: PA2169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2169 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I1U6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 19% PEG10K, 100 mM Na-acetate pH 4.6, SrCl2 20mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.36 Å / Num. all: 12342 / Num. obs: 11947 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1726 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FSE, trimmed to the 4 helix module, side chains removed

3fse


解像度: 2.25→45.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.665 / SU ML: 0.265 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.6 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28474 592 5 %RANDOM
Rwork0.22079 ---
all0.22381 12342 --
obs0.22381 11347 96.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.93 Å20 Å23.1 Å2
2---2.77 Å20 Å2
3----0.88 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 0 21 1929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.9742608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8165240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5524.643112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.69815350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4551522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8161.51212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56621916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4953724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2544.5692
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 37 -
Rwork0.375 837 -
obs-1726 96.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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