PDB-2xu8: Structure of Pa1645

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xu8

タイトル

Structure of Pa1645

要素

PA1645

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / BACTERIAL VIRULENCE

機能・相同性

Domain of unknown function (DUF5086) / Protein of unknown function DUF5086 / Domain of unknown function (DUF5086) / Cathepsin B; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Abdelli, W.B. / Moynie, L. / McMahon, S.A. / Liu, H. / Alphey, M.S. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The Aeropath Project Targeting Pseudomonas Aeruginosa: Crystallographic Studies for Assessment of Potential Targets in Early-Stage Drug Discovery
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / Mcmahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M.S. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2010年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Structure summary
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.3	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.4	2015年8月19日	Group: Source and taxonomy / Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xu8.cif.gz	157.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xu8.ent.gz	134.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xu8_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xu8_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	2xu8_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	2xu8_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/2xu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4avfC 4avrC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exaC 4exbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ao7-5 4yzr-d 6rqd-d 3nc7-2 3nc6-1 4fmx-2 1rom-d 7abb-d 2y5z-2 6t0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PA1645

B: PA1645

C: PA1645

ヘテロ分子

40.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.970, 125.970, 125.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	PA1645 分子量: 13117.771 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 20-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I380
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST 19 RESIDUES REMOVED FROM CONSTRUCT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.6
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→89 Å / Num. obs: 35545 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 73 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 56.5
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 74 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0081	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.98→89.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.903 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19226	1778	5 %	RANDOM
R_work	0.17622	-	-	-
obs	0.17705	33751	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→89.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2784	0	55	246	3085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.206	1.958	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.017	3	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.568	5	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.534	22.583	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.48	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.63	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	644
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.978→2.029 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	135	-
R_work	0.181	2465	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7009	0.0488	0.7794	4.1095	-1.7875	2.6947	-0.3386	0.4908	-0.1914	-0.5546	0.2262	-0.0324	0.1157	-0.0462	0.1124	0.186	-0.0898	0.0471	0.1233	-0.024	0.0614	82.079	29.644	-21.392
2	87.0825	39.9438	-14.4608	40.2836	-6.1552	9.0547	0.2759	-1.9452	-2.9669	0.2457	-1.4438	-3.542	0.869	0.5677	1.1678	0.1889	0.0757	0.0615	0.21	0.1711	0.4727	85.912	15.932	-7.548
3	1.4561	0.8744	0.5569	6.4094	-4.608	4.4365	-0.2502	0.0116	-0.0003	-0.2579	0.1413	-0.1062	0.0089	-0.1053	0.109	0.1106	-0.0082	0.0222	0.1135	-0.0035	0.0824	79.914	29.612	-13.06
4	4.7856	4.0802	-3.0285	3.5781	-2.8769	4.4036	-0.7261	0.4682	-0.5831	-0.7549	0.383	-0.4668	0.7339	-0.2333	0.3432	0.3238	-0.0619	0.0837	0.1822	-0.042	0.1753	82.767	24.784	-21.631
5	3.9359	2.3311	0.1203	9.2009	0.7745	6.2887	-0.5354	0.7467	0.1614	-1.5367	0.5379	0.1282	-0.1936	-0.0428	-0.0025	0.3872	-0.2237	-0.0388	0.3604	0.0135	0.126	64.49	20.379	-26.911
6	45.1193	-1.2906	-10.3827	8.0095	3.6389	18.7179	-0.3144	1.757	-0.9042	-1.4565	0.0999	-0.5429	0.4381	0.3747	0.2145	0.66	-0.2072	0.0645	0.3562	-0.0953	0.2785	67.117	5.797	-23.802
7	3.2094	-1.1096	1.1717	3.3337	-1.4388	5.5592	-0.0609	-0.004	0.4201	0.1264	0.0055	0.1781	-0.6671	-0.2358	0.0553	0.1789	0.0502	-0.0168	0.1294	-0.0478	0.1707	64.131	37.124	3.146
8	22.9677	1.3779	3.3207	6.2362	2.5682	28.5096	-0.3708	-1.7647	0.155	0.2967	0.3328	0.242	0.7096	1.8974	0.0381	0.1514	0.1191	-0.0522	0.3241	-0.0324	0.0924	77.715	23.4	7.384
9	5.4455	-3.255	0.2782	3.9702	-0.7589	1.4788	-0.123	-0.1417	0.1008	0.1491	0.1538	0.2315	-0.1273	-0.3271	-0.0309	0.1195	0.0106	-0.0277	0.1584	-0.0219	0.1042	63.551	29.694	1.555
10	1.7621	-0.9263	-2.4988	1.3614	0.8981	5.1565	-0.0272	-0.178	0.3606	0.1903	0.1656	-0.2333	-0.4516	-0.0803	-0.1383	0.2501	0.054	-0.0761	0.18	-0.0828	0.2173	69.773	36.351	-0.233
11	18.0056	6.4234	-4.0555	7.0668	-1.2791	8.2063	0.0874	-0.2876	1.6819	0.0823	0.0713	0.9205	-0.6351	-0.2839	-0.1587	0.2779	0.0581	-0.0017	0.1436	0.0257	0.3488	71.86	44.668	-13.863
12	5.0433	-2.7464	7.0718	9.6786	-11.269	24.045	-0.9332	-0.1161	0.7713	0.8422	-0.0282	-0.6749	-1.8424	0.5275	0.9614	0.3456	-0.0489	-0.1132	0.2238	0.0113	0.2762	88.22	40.497	-13.767
13	3.1474	-0.9379	1.3166	6.3903	-1.8405	4.1558	-0.1926	0.1033	-0.0325	-0.1915	0.1577	0.5614	0.0615	-0.5421	0.035	0.1719	-0.1497	-0.0472	0.2201	-0.0107	0.1561	57.2	12.352	-14.394
14	12.2751	18.9995	10.3178	68.0135	40.8997	40.0714	0.478	-0.0126	-0.964	2.048	0.7838	-2.0937	2.5761	0.3948	-1.2617	0.2827	-0.0462	-0.0719	0.1546	0.022	0.2295	70.68	8.289	-0.473
15	2.5841	0.6423	2.944	1.9446	0.2546	6.2343	-0.1796	0.0907	0.0614	-0.3094	0.0337	0.0382	0.3179	-0.263	0.1459	0.1918	-0.1173	-0.0092	0.1455	-0.0103	0.1064	65.229	14.245	-14.495
16	6.673	6.797	4.91	9.7263	5.7692	4.8147	0.251	-0.6264	0.2383	0.3885	-0.3879	0.6207	0.5098	-0.7855	0.1369	0.2132	-0.1463	-0.0223	0.3192	0.0515	0.2219	56.876	11.7	-9.138
17	15.8323	-3.4708	-2.0302	7.4449	1.4104	7.0351	-0.0317	0.3898	-0.1821	-0.387	-0.1482	1.0182	-0.1123	-1.17	0.1799	0.1364	-0.0185	-0.0981	0.3687	-0.0236	0.298	53.015	28.911	-9.189
18	5.045	-1.2632	1.5005	8.8123	-1.1286	11.7153	0.2307	-0.5958	-0.4255	0.5861	0.4014	1.0461	0.0695	-1.5773	-0.6322	0.227	0.0291	0.0993	0.5309	0.0087	0.4234	51.47	29.945	7.197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	69 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	103 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	127 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	20 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	64 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	69 - 86
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	87 - 107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	108 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	123 - 135
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	20 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	64 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	69 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	86 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	103 - 118
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	119 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)