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- PDB-4erv: Crystal structure of human ryanodine receptor 3 (2597-2800) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4erv
タイトルCrystal structure of human ryanodine receptor 3 (2597-2800)
要素Ryanodine receptor 3
キーワードMETAL TRANSPORT / Ryanodine Receptor Calcium Release Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to ATP / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane ...calcium-induced calcium release activity / cellular response to magnesium ion / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to ATP / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / smooth endoplasmic reticulum / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Globin-like - #160 / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr ...Globin-like - #160 / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / : / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / : / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Globin-like / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Yuchi, Z. / Lau, K. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Disease mutations in the ryanodine receptor central region: crystal structures of a phosphorylation hot spot domain.
著者: Yuchi, Z. / Lau, K. / Van Petegem, F.
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3067
ポリマ－23,7421
非ポリマー5646
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子

A: Ryanodine receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,61314
ポリマ－47,4842
非ポリマー1,12912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.570, 58.540, 47.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor 3 / RYR-3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / ...RYR-3 / RyR3 / Brain ryanodine receptor-calcium release channel / Brain-type ryanodine receptor / Type 3 ryanodine receptor


分子量: 23741.969 Da / 分子数: 1 / 変異: K2775A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RYR3, HBRR / プラスミド: pET28HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLacI / 参照: UniProt: Q15413
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.4M Ammonium sulfate, 0.1M Bicine, pH 9.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月29日 / 詳細: Double Crystal Monochromator, mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 25284 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 34.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.75-1.80.4523.156841187199.2
1.8-1.840.343.926711182699.1
1.84-1.90.2695.126382174996.6
1.9-1.960.2136.525836166094.9
1.96-2.020.1438.886200168199
2.02-2.090.10612.195486157597.4
2.09-2.170.08114.495751156598.7
2.17-2.260.06717.355204148396.5
2.26-2.360.05320.575118140697.1
2.36-2.470.04723.045103137698.6
2.47-2.610.04325.374928132098.5
2.61-2.770.0428.854536125098.4
2.77-2.960.03531.814315116299.1
2.96-3.20.02737.84080109499
3.2-3.50.02541.213715101499.1
3.5-3.910.02443.62329691198.6
3.91-4.520.02445.89299181098.5
4.52-5.530.02146.71254768498.8
5.53-7.830.02345.03198454699.5
7.830.02747.13105030197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCGUIデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→35.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 1265 5 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1914 25283 98.09 %-
all-25284 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.04 Å2 / Biso mean: 26.9336 Å2 / Biso min: 16.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å2-0.7 Å2
2---1.44 Å2-0 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 33 209 1770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.9792167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1445195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29724.39466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90215275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.178157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.24531600
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free05209
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded051569
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 94 -
Rwork0.226 1776 -
all-1870 -
obs-1871 99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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