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- PDB-1rpq: High Affinity IgE Receptor (alpha chain) Complexed with Tight-Bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rpq
タイトルHigh Affinity IgE Receptor (alpha chain) Complexed with Tight-Binding E131 'zeta' Peptide from Phage Display
要素
  • High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
  • Peptide E131
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / type 2 immune response / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / type 2 immune response / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / CITRIC ACID / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stamos, J. / Eigenbrot, C. / Nakamura, G.R. / Reynolds, M.E. / Yin, J.P. / Lowman, H.B. / Fairbrother, W.J. / Starovasnik, M.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Convergent Recognition of the IgE Binding Site on the High-Affinity IgE Receptor.
著者: Stamos, J. / Eigenbrot, C. / Nakamura, G.R. / Reynolds, M.E. / Yin, J.P. / Lowman, H.B. / Fairbrother, W.J. / Starovasnik, M.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Stable "Zeta" Peptides that Act as Potent Antagonists of the High-Affinity Ige Receptor
著者: Nakamura, G.R. / Reynolds, M.E. / Chen, Y.M. / Starovasnik, M.A. / Lowman, H.B.
履歴
登録2003年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
B: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
C: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
D: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
W: Peptide E131
X: Peptide E131
Y: Peptide E131
Z: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,56528
ポリマ－92,0118
非ポリマー9,55520
水00
1
A: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
W: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4457
ポリマ－23,0032
非ポリマー2,4425
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
2
B: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
X: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3496
ポリマ－23,0032
非ポリマー2,3464
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
3
C: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
Y: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3387
ポリマ－23,0032
非ポリマー2,3355
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
4
D: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
Z: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4348
ポリマ－23,0032
非ポリマー2,4316
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
5
A: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
C: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
W: Peptide E131
Y: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,78314
ポリマ－46,0054
非ポリマー4,77710
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
6
B: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
D: High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor
X: Peptide E131
Z: Peptide E131
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,78314
ポリマ－46,0054
非ポリマー4,77710
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.700, 149.700, 104.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDWXYZ

#1: タンパク質
High affinity immunoglobulin epsilon receptor alpha-subunit precursor / FcERI / IgE Fc receptor / alpha-subunit / Fc-epsilon RI-alpha


分子量: 20462.738 Da / 分子数: 4 / 断片: alpha chain extracellular domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER1A, FCE1A / プラスミド: pAcGP67B / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12319
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide E131


分子量: 2539.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Random peptide sequences displayed on phage, selected for binding to Fc(epsilon)RI(alpha)

-
糖 , 5種, 16分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-4]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 2000 monomethyl ether, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 30473 / Num. obs: 30473 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): -10 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 85.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2644 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR98.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1F2Q

1f2q


解像度: 3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.349 968 3.2 %RANDOM
Rwork0.294 ---
all0.296 30473 --
obs0.294 30473 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----2.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6125 0 632 0 6757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.533
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.423
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.443
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.893
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 2.7 Å2 / Weight Biso : 3 / Weight position: 1000

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev position (Å)
11RESTRAINED, PARTS OF CHAINS A, B, C, D0
220.01
330.01
440.01
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.110.433813.10.38825630.048264485
3.11-3.230.41880.37304996.5
3.23-3.380.361020.35306497
3.38-3.560.35840.33305096.6
3.56-3.780.36900.3308797.8
3.78-4.070.32970.28307897.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_XPLOR_PARHCSDX.PROMSI_XPLOR_TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2MSI_XPLOR_PARAM3.CHOMSI_XPLOR_TOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.SO4
X-RAY DIFFRACTION4CIT.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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