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- PDB-2yd8: Crystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yd8
タイトルCrystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase LAR in complex with sucrose octasulphate
要素RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE F
キーワードHYDROLASE / RPTPF
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin sulfate proteoglycan binding / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / synaptic membrane adhesion / regulation of axon regeneration / Synaptic adhesion-like molecules / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / phosphoprotein phosphatase activity ...chondroitin sulfate proteoglycan binding / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / synaptic membrane adhesion / regulation of axon regeneration / Synaptic adhesion-like molecules / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / phosphoprotein phosphatase activity / cell adhesion molecule binding / Insulin receptor recycling / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of receptor binding / cell migration / heparin binding / neuron projection / cell adhesion / neuronal cell body / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. ...: / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Coles, C.H. / Shen, Y. / Tenney, A.P. / Siebold, C. / Sutton, G.C. / Lu, W. / Gallagher, J.T. / Jones, E.Y. / Flanagan, J.G. / Aricescu, A.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Proteoglycan-Specific Molecular Switch for Rptp Sigma Clustering and Neuronal Extension.
著者: Coles, C.H. / Shen, Y. / Tenney, A.P. / Siebold, C. / Sutton, G.C. / Lu, W. / Gallagher, J.T. / Jones, E.Y. / Flanagan, J.G. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8812
ポリマ－23,3801
非ポリマー5001
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.768, 78.768, 71.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE F / LEUKOCYTE COMMON ANTIGEN RELATED / LAR / RECEPTOR PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE LAR


分子量: 23380.301 Da / 分子数: 1 / 断片: IG1-2, RESIDUES 29-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P10586, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 糖 ChemComp-YYJ / 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 500.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O18S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SUCROSE OCTASULPHATE (SCR): THE SIX-MEMBERED RING OF SUCROSE OCTASULPHATE IS DISORDERED AND ...SUCROSE OCTASULPHATE (SCR): THE SIX-MEMBERED RING OF SUCROSE OCTASULPHATE IS DISORDERED AND THEREFORE ONLY THE FIVE-MEMBERED RING IS INCLUDED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
配列の詳細THE N-TERMINAL THREE AMINO ACID RESIDUES (ETG) AND THE C- TERMINAL NINE AMINO ACID RESIDUES ...THE N-TERMINAL THREE AMINO ACID RESIDUES (ETG) AND THE C- TERMINAL NINE AMINO ACID RESIDUES (GTKHHHHHH) DERIVE FROM THE PHLSEC VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 30% PEG 6000, PH 6.0 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 16614 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 32.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YD4

2yd4


解像度: 2.05→39.384 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 756 4.8 %
Rwork0.1949 --
obs0.1965 15755 95.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.675 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.817 Å20 Å20 Å2
2--6.817 Å20 Å2
3----15.0394 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 28 96 1630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2322123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.775621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0502-2.20840.331460.24972724X-RAY DIFFRACTION88
2.2084-2.43070.26771540.22372896X-RAY DIFFRACTION93
2.4307-2.78230.25251510.21212983X-RAY DIFFRACTION95
2.7823-3.50510.25211520.19983110X-RAY DIFFRACTION99
3.5051-39.39120.1881530.17513286X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37060.4538-0.08960.40820.0980.5157-0.11850.03590.0528-0.04460.0788-0.07640.1922-0.0976-0.00010.24430.03860.01510.2561-0.01250.2212-33.226615.174515.3956
20.8460.04610.23950.8242-0.26910.84040.0732-0.36090.1519-0.0211-0.0124-0.1632-0.13520.54910.02140.1547-0.02510.01990.4955-0.0580.2783-16.522626.7975.4603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 30:129
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 130:227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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