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- PDB-4erd: Crystal structure of the C-terminal domain of Tetrahymena telomer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4erd
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Tetrahymena telomerase protein p65 in complex with stem IV of telomerase RNA
要素
  • 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
  • Telomerase associated protein p65
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / La protein / LARP7 / RRM / xRRM / TER / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomere maintenance via telomerase / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能
xRRM domain profile. / La protein, xRRM domain / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...xRRM domain profile. / La protein, xRRM domain / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / La-related protein 7 homolog / La-related protein 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.589 Å
データ登録者Singh, M. / Wang, Z. / Koo, B.-K. / Patel, A. / Cascio, D. / Collins, K. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Telomerase RNA Recognition and RNP Assembly by the Holoenzyme La Family Protein p65.
著者: Singh, M. / Wang, Z. / Koo, B.K. / Patel, A. / Cascio, D. / Collins, K. / Feigon, J.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22012年8月1日Group: Database references
改定 1.32014年4月23日Group: Derived calculations
改定 1.42017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomerase associated protein p65
B: Telomerase associated protein p65
C: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7115
ポリマ－45,6724
非ポリマー391
水39622
1
A: Telomerase associated protein p65
C: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9254
ポリマ－29,8863
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20450 Å2
2
B: Telomerase associated protein p65
C: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8863
ポリマ－29,8863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.830, 88.830, 119.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Telomerase associated protein p65


分子量: 15785.705 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
遺伝子: TAP65 / プラスミド: pET30 LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6JXI6, UniProt: W7X6T2*PLUS
#2: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*GP*GP*AP*CP*C)-3'


分子量: 7050.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN CONSTRUCT COMPRISES THE C-TERMINAL DOMAIN OF P65 XRRM2 (UNP RESIDUES 375-542) WITH THE LOOP ...PROTEIN CONSTRUCT COMPRISES THE C-TERMINAL DOMAIN OF P65 XRRM2 (UNP RESIDUES 375-542) WITH THE LOOP (UNP RESIDUES 413-459) DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M sodium cacodylate, 0.04 M magnesium chloride, 5% v/v MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792,0.9794,0.9718
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.97181
反射解像度: 2.588→76.929 Å / Num. obs: 16940 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.48 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 16.18
反射 シェル解像度: 2.588→2.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Rsym value: 0.844 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.589→64.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / 位相誤差: 28.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 844 4.98 %
Rwork0.2197 --
obs0.2221 16940 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.561 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.055 Å20 Å2-0 Å2
2--7.055 Å2-0 Å2
3----14.1101 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.589→64.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 938 1 22 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4964118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.251244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.589-2.75150.43841340.36552414X-RAY DIFFRACTION89
2.7515-2.96390.34231270.30132633X-RAY DIFFRACTION97
2.9639-3.26220.28171670.24162666X-RAY DIFFRACTION99
3.2622-3.73420.24711410.20342707X-RAY DIFFRACTION98
3.7342-4.70450.23371350.18362776X-RAY DIFFRACTION100
4.7045-64.65850.26611400.20952900X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.4449 Å / Origin y: 51.4566 Å / Origin z: 60.2417 Å
111213212223313233
T0.1825 Å20.0282 Å2-0.0362 Å2-0.1779 Å2-0.0405 Å2--0.1934 Å2
L2.2386 °20.5222 °2-0.5194 °2-0.317 °20.1567 °2--0.831 °2
S-0.0156 Å °0.2384 Å °0.0358 Å °-0.0414 Å °0.087 Å °-0.044 Å °-0.1314 Å °0.023 Å °-0.0417 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA378 - 711
2X-RAY DIFFRACTION1allC117 - 203
3X-RAY DIFFRACTION1allB378 - 605
4X-RAY DIFFRACTION1allD117 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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