+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ihs | ||||||
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Title | Crystal Structure of BenM_DBD/catB site 1 DNA Complex | ||||||
Components |
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Keywords | Transcription/DNA / wHTH / HTH / Transcriptional regulator / catB promoter / Transcription-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Alanazi, A. / Momany, C. / Neidle, E.L. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: The DNA-binding domain of BenM reveals the structural basis for the recognition of a T-N11-A sequence motif by LysR-type transcriptional regulators. Authors: Alanazi, A.M. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: Journal: MOL.MICROBIOL. / Year: 2009 Title: Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1. Authors: Craven, S.H. / Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Hall, R.A. / Momany, C. / Neidle, E.L. #2: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Distinct effector-binding sites enable synergistic transcriptional activation by BenM, a LysR-type regulator Authors: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #3: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2007 Title: Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.r Authors: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Neidle, E.L. / Momany, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ihs.cif.gz | 468.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ihs.ent.gz | 387.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ihs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/4ihs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ihtC 3m1eS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 10937.559 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1-87 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter sp. (bacteria) / Strain: ADP1 / Gene: ACIAD1435, benM, benR / Plasmid: pET21B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: O68014 |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules EGFH
#2: DNA chain | Mass: 7636.969 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA purchased from IDT #3: DNA chain | Mass: 7713.048 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA purchased from IDT |
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-Non-polymers , 3 types, 23 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.82 Å3/Da / Density % sol: 78.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: microbatch under oil / pH: 6 Details: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: sodium malonate Crystal Screen C4- 2.4 M sodium malonate pH 6.0. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% ...Details: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: sodium malonate Crystal Screen C4- 2.4 M sodium malonate pH 6.0. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 150 mM imidazole, 10 mM BME, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 0.99999 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→200 Å / Num. obs: 30569 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 99.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 3.317 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3M1E Resolution: 3.1→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.668 / SU ML: 0.192 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.273 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 268.45 Å2 / Biso mean: 108.1734 Å2 / Biso min: 55.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→48.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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