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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iht | ||||||
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Title | Crystal Structure of BenM_DBD/benA site 1 DNA Complex | ||||||
![]() |
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![]() | Transcription/DNA / wHTH / HTH / Transcriptional Regulator / benA promoter site 1 / Transcription-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() : / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alanazi, A. / Momany, C. / Neidle, E.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: The DNA-binding domain of BenM reveals the structural basis for the recognition of a T-N11-A sequence motif by LysR-type transcriptional regulators. Authors: Alanazi, A.M. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: ![]() Title: Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1. Authors: Craven, S.H. / Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Hall, R.A. / Momany, C. / Neidle, E.L. #2: ![]() Title: Distinct effector-binding sites enable synergistic transcriptional activation by BenM, a LysR-type regulator Authors: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #3: ![]() Title: Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.r Authors: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Neidle, E.L. / Momany, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 468 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ihsC ![]() 3m1eS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Components
#1: Protein | Mass: 10937.559 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1-87 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 7654.997 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic DNA purchased from IDT #3: DNA chain | Mass: 7695.021 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic DNA purchased from IDT #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: microbatch under oil / pH: 6.5 Details: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: Optimized index screen 79- 25 mM bis-tris, 25% PEG 3000, 50 mM ammonium acetate. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M ...Details: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: Optimized index screen 79- 25 mM bis-tris, 25% PEG 3000, 50 mM ammonium acetate. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 150 mM imidazole, 10 mM BME, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 17712 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 99.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 3.411 / Net I/σ(I): 21.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3M1E Resolution: 3→31.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 42.265 / SU ML: 0.348 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.437 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 212.28 Å2 / Biso mean: 95.0928 Å2 / Biso min: 49.94 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→31.66 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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