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Yorodumi- PDB-5bo4: Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5bo4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin Ligase / Suppressor of Cytokine Signalling | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnegative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / elongin complex / growth hormone receptor binding / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / mammary gland alveolus development / regulation of signal transduction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Growth hormone receptor signaling / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / insulin-like growth factor receptor binding / lactation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of neuron differentiation / Negative regulation of FLT3 / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytokine-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015Title: Serendipitous SAD Solution for DMSO-Soaked SOCS2-ElonginC-ElonginB Crystals Using Covalently Incorporated Dimethylarsenic: Insights into Substrate Receptor Conformational Flexibility in Cullin RING Ligases. Authors: Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5bo4.cif.gz | 763.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5bo4.ent.gz | 632.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5bo4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5bo4_validation.pdf.gz | 538 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5bo4_full_validation.pdf.gz | 548.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5bo4_validation.xml.gz | 71.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5bo4_validation.cif.gz | 93 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bo4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 19377.250 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / Plasmid: pLIC / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11852.389 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TCEB2 / Plasmid: pCDFDuet-1 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 10974.616 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TCEB1 / Plasmid: pCDFDuet-1 / Production host: ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.31 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 / Details: PEG 3350, CaOAc, Sodium cacodylate, Glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 1.0432, 0.9537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 31, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Redundancy: 119.8 % / Number: 5659871 / Rsym value: 0.12 / D res high: 3.1 Å / D res low: 160.97 Å / Num. obs: 47227 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| Reflection | Resolution: 2.9→46.3 Å / Num. obs: 56676 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/av σ(I): 5.176 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 219197 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
| Phasing | Method: SAD |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.9→46.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.216 / FOM work R set: 0.7581 / SU B: 50.951 / SU ML: 0.423 / SU R Cruickshank DPI: 0.4467 / SU Rfree: 0.4473 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.447 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOODDetails: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 172.18 Å2 / Biso mean: 77.311 Å2 / Biso min: 33.97 Å2
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| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→46.3 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation









PDBj




















