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- PDB-5bo4: Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bo4 | ||||||
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Title | Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin Ligase / Suppressor of Cytokine Signalling | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / cytokine receptor binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / mammary gland alveolus development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Growth hormone receptor signaling / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / lactation / insulin-like growth factor receptor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of neuron differentiation / Negative regulation of FLT3 / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / regulation of cell growth / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Serendipitous SAD Solution for DMSO-Soaked SOCS2-ElonginC-ElonginB Crystals Using Covalently Incorporated Dimethylarsenic: Insights into Substrate Receptor Conformational Flexibility in Cullin RING Ligases. Authors: Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 632.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 538 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 548.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 93 KB | Display | |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 19377.250 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11852.389 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 10974.616 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 / Details: PEG 3350, CaOAc, Sodium cacodylate, Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 31, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 119.8 % / Number: 5659871 / Rsym value: 0.12 / D res high: 3.1 Å / D res low: 160.97 Å / Num. obs: 47227 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.9→46.3 Å / Num. obs: 56676 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/av σ(I): 5.176 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 219197 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.18 Å2 / Biso mean: 77.311 Å2 / Biso min: 33.97 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→46.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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