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- PDB-5bo4: Structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bo4
タイトルStructure of SOCS2:Elongin C:Elongin B from DMSO-treated crystals
要素
  • Suppressor of cytokine signaling 2
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ubiquitin Ligase (ユビキチンリガーゼ) / Suppressor of Cytokine Signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / regulation of signal transduction / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / Negative regulation of FLT3 / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / insulin-like growth factor receptor binding / 授乳 / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / regulation of cell growth / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / response to estradiol / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 ...SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Serendipitous SAD Solution for DMSO-Soaked SOCS2-ElonginC-ElonginB Crystals Using Covalently Incorporated Dimethylarsenic: Insights into Substrate Receptor Conformational Flexibility in Cullin RING Ligases.
著者: Gadd, M.S. / Bulatov, E. / Ciulli, A.
履歴
登録2015年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation / diffrn_source / Item: _diffrn_radiation.diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1
D: Suppressor of cytokine signaling 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 2
F: Transcription elongation factor B polypeptide 1
G: Suppressor of cytokine signaling 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 2
I: Transcription elongation factor B polypeptide 1
J: Suppressor of cytokine signaling 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 2
L: Transcription elongation factor B polypeptide 1
M: Suppressor of cytokine signaling 2
N: Transcription elongation factor B polypeptide 2
O: Transcription elongation factor B polypeptide 1
P: Suppressor of cytokine signaling 2
Q: Transcription elongation factor B polypeptide 2
R: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,22618
ポリマ－253,22618
非ポリマー00
水59433
1
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
ポリマ－42,2043
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Suppressor of cytokine signaling 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 2
F: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
ポリマ－42,2043
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Suppressor of cytokine signaling 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 2
I: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
ポリマ－42,2043
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Suppressor of cytokine signaling 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 2
L: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
ポリマ－42,2043
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Suppressor of cytokine signaling 2
N: Transcription elongation factor B polypeptide 2
O: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
ポリマ－42,2043
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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6
P: Suppressor of cytokine signaling 2
Q: Transcription elongation factor B polypeptide 2
R: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2043
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非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.217, 185.217, 67.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
51M
61P
12B
22E
32H
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52N
62Q
13C
23F
33I
43L
53O
63R

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A32 - 198
2114D32 - 198
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.566268, 0.821767, -0.063556), (0.820238, -0.569425, -0.054451), (-0.080937, -0.021297, -0.996492)-0.5837, 119.328987, 56.068932
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7given(1), (1), (1)
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12given(-0.481164, 0.875576, -0.04299), (-0.874345, -0.475793, 0.095611), (0.06326, 0.083592, 0.99449)-0.51914, 209.501801, -58.218868
13given(1), (1), (1)
14given(0.493554, 0.86968, 0.007858), (0.866317, -0.490807, -0.092754), (-0.07681, 0.052586, -0.995658)-2.01457, 113.587151, 51.1674
15given(-0.998466, -0.052271, 0.01825), (-0.052119, 0.998603, 0.008702), (-0.018679, 0.007737, -0.999796)97.086327, 53.353619, 29.14953
16given(-0.573948, -0.818754, -0.014998), (0.818794, -0.574066, 0.004876), (-0.012602, -0.009482, 0.999876)188.623276, 115.670639, -21.13847
17given(-0.996819, -0.079039, 0.010192), (-0.079647, 0.992431, -0.093477), (-0.002726, -0.093991, -0.995569)194.649643, 14.02297, 39.7654
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-
要素

#1: タンパク質
Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2


分子量: 19377.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / プラスミド: pLIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508
#2: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG 3350, CaOAc, Sodium cacodylate, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.0432, 0.9537
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21.04321
Reflection冗長度: 119.8 % / 数: 5659871 / Rsym value: 0.12 / D res high: 3.1 Å / D res low: 160.97 Å / Num. obs: 47227 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
9.854.5310.0450.045128.7
6.939.810.050.05131.7
5.666.9310.1110.111131.6
4.95.6610.1090.109131.5
4.384.910.0920.092129.8
44.3810.1110.111123.5
3.71410.1710.171117.3
3.473.7110.2650.265113.1
3.273.4710.4370.437110.2
3.13.2710.7440.744107.8
反射解像度: 2.9→46.3 Å / Num. obs: 56676 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 5.176 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 219197 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-2.983.90.6222.31734044490.6730.360.045120.9100
12.64-46.33.70.02244.223376350.9990.0130.05107.792.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→46.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.216 / FOM work R set: 0.7581 / SU B: 50.951 / SU ML: 0.423 / SU R Cruickshank DPI: 0.4467 / SU Rfree: 0.4473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2872 2862 5 %RANDOM
Rwork0.2288 ---
obs0.2317 53812 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.18 Å2 / Biso mean: 77.311 Å2 / Biso min: 33.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å21.02 Å20 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----6.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14871 0 0 33 14904
Biso mean---55.1 -
残基数----1994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2381557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.22493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02116933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023258
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4917.7049859
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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14J2169MEDIUM POSITIONAL0.440.5
15M2169MEDIUM POSITIONAL0.490.5
16P2169MEDIUM POSITIONAL0.490.5
11A2169MEDIUM THERMAL8.082
12D2169MEDIUM THERMAL19.162
13G2169MEDIUM THERMAL10.022
14J2169MEDIUM THERMAL13.942
15M2169MEDIUM THERMAL8.42
16P2169MEDIUM THERMAL9.952
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22E757MEDIUM POSITIONAL0.270.5
23H757MEDIUM POSITIONAL0.220.5
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26Q757MEDIUM POSITIONAL0.30.5
21B757MEDIUM THERMAL11.062
22E757MEDIUM THERMAL11.812
23H757MEDIUM THERMAL14.942
24K757MEDIUM THERMAL10.092
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31C1008MEDIUM POSITIONAL0.310.5
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LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 203 -
Rwork0.335 4013 -
all-4216 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 2054
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D32 - 2054
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6F17 - 2021
7X-RAY DIFFRACTION7G31 - 2054
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9I17 - 2019
10X-RAY DIFFRACTION10J32 - 2054
11X-RAY DIFFRACTION11K2 - 103
12X-RAY DIFFRACTION12L16 - 112
13X-RAY DIFFRACTION13M32 - 2054
14X-RAY DIFFRACTION14N2 - 104
15X-RAY DIFFRACTION15O17 - 112
16X-RAY DIFFRACTION16P32 - 2054
17X-RAY DIFFRACTION17Q2 - 103
18X-RAY DIFFRACTION18R17 - 2021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る