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- PDB-7apv: Structure of Artemis/DCLRE1C/SNM1C in complex with Ceftriaxone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apv
タイトルStructure of Artemis/DCLRE1C/SNM1C in complex with Ceftriaxone
要素Protein artemis
キーワードHYDROLASE / Endonuclease / DNA repair / V(D)J recombination / NHEJ recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / nonhomologous end joining complex / V(D)J recombination / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / interstrand cross-link repair / telomere maintenance / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / nonhomologous end joining complex / V(D)J recombination / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / interstrand cross-link repair / telomere maintenance / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / endonuclease activity / adaptive immune response / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi apparatus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair metallo-beta-lactamase / DNA repair metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / NICKEL (II) ION / Protein artemis
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yosaatmadja, Y. / Goubin, S. / Newman, J.A. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Dannerfjord, A.A. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insights into the Artemis endonuclease and strategies for its inhibition.
著者: Yosaatmadja, Y. / Baddock, H.T. / Newman, J.A. / Bielinski, M. / Gavard, A.E. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Dannerfjord, A.A. / Schofield, C.J. / McHugh, P.J. / Gileadi, O.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein artemis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7629
ポリマ－41,7731
非ポリマー9898
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.880, 48.103, 48.252
Angle α, β, γ (deg.)82.760, 76.290, 86.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein artemis / DNA cross-link repair 1C protein / Protein A-SCID / SNM1 homolog C / hSNM1C / SNM1-like protein


分子量: 41773.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1C, ARTEMIS, ASCID, SCIDA, SNM1C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 115分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.1 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG3350 and 0.2 M Ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.69 Å / Num. obs: 22195 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 78348 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.95-20.649560515690.7132.897.2
8.94-47.690.048232280.99625.297

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.52 Å47.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TT5

6tt5


解像度: 1.95→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.2214 / WRfactor Rwork: 0.1761 / FOM work R set: 0.8243 / SU B: 4.82 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.2199 / SU Rfree: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 1109 5 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1863 21085 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.09 Å2 / Biso mean: 23.809 Å2 / Biso min: 10.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å2-1.32 Å20.11 Å2
2---0.28 Å20.33 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 58 107 2968
Biso mean--45.32 24.23 -
残基数----358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.9734234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94536609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1655403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74122.105133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12515498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0321527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02743
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 90 -
Rwork0.229 1557 -
all-1647 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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