PDB-4epf: The crystal structure of pesticin from Yersinia pestis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4epf

タイトル

The crystal structure of pesticin from Yersinia pestis

要素

Pesticin

キーワード

TOXIN / bacterial toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

metabolic process / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
著者: Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Keller, P.W. / Chaturvedi, K.S. / Seddiki, N. / Fairman, J.W. / Noinaj, N. / Kirby, T.L. / Henderson, J.P. / Steven, A.C. / Hinnebusch, B.J. / Buchanan, S.K.

履歴

登録	2012年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4epf.cif.gz	270.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4epf.ent.gz	229.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4epf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4epf_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4epf_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	4epf_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	4epf_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4epaC 4epiC 4exmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2820 6w52-d 5nj6-d 5uf7-d 5c56-d 3eyf-d 5k59-2 3jro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pesticin

B: Pesticin

82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.498, 86.900, 122.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pesticin 分子量: 41024.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: pst, YP_pPCP06, YPPCP1.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57159
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.25 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97925, 0.97939, 0.97172

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97925	1
2	0.97939	1
3	0.97172	1

反射

解像度: 2.09→37 Å / Num. obs: 41037 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度: 2.09→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.364 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.09→36.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.502 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.192
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2468	2000	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20607	-	-	-
obs	0.20792	41037	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	0 Å²	1.62 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5267	0	0	211	5478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5390
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.953	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.354	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.745	24.647	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.297	15	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.504	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.853	3	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.927	5	5374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.481	8	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.058	12	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.146 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	121	-
R_work	0.246	2491	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4788	0.0344	-0.5039	1.7402	-1.7683	6.9199	0.0069	0.6716	-0.2354	-0.1731	0.0522	-0.0255	-0.0413	0.0354	-0.0591	-0.0977	-0.0374	-0.0223	0.0638	-0.0562	-0.109	23.261	54.661	-37.9
2	1.6485	0.5816	0.3553	2.1119	0.074	0.7109	0.1109	-0.0835	-0.0275	0.2008	-0.0624	0.0703	-0.0168	0.0065	-0.0485	-0.163	0.0425	-0.0013	-0.2146	0.0018	-0.1698	5.568	43.436	-8.171
3	2.6889	-0.0818	-2.2016	1.9862	2.893	11.6814	0.0144	-0.8284	-0.0325	0.207	-0.2384	0.1647	0.0682	-0.2059	0.2241	-0.1012	-0.0604	-0.0109	0.2044	-0.0317	-0.168	32.198	55.951	-74.322
4	2.0085	-0.9776	-0.1528	2.7162	1.1334	1.7714	0.0187	-0.0328	-0.1127	-0.0662	0.0757	-0.1107	0.1165	-0.0137	-0.0945	-0.1733	-0.0399	0.0095	-0.2279	0.0039	-0.1598	49.94	45.61	-101.536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	192 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	38 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	192 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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