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万見
- PDB-4epa: The crystal structure of the ferric yersiniabactin uptake recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epa
タイトルThe crystal structure of the ferric yersiniabactin uptake receptor FyuA from Yersinia pestis
要素Pesticin receptor
キーワードMETAL TRANSPORT / tonB dependent transporter / iron import
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily ...TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
著者: Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Keller, P.W. / Chaturvedi, K.S. / Seddiki, N. / Fairman, J.W. / Noinaj, N. / Kirby, T.L. / Henderson, J.P. / Steven, A.C. / Hinnebusch, B.J. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1083
ポリマ－72,6501
非ポリマー4592
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)181.179, 181.179, 319.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Pesticin receptor / Ferric yersiniabactin uptake receptor / FyuA / IRPC


分子量: 72649.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: fyuA, psn, YPO1906, y2404, YP_1649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46359
#2: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 9.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 86.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.4 M ammonium formate, 0.1 M HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 40958 / Num. obs: 40958 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.7 % / Rsym value: 0.25 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 11.453 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.276
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24381 2179 5.1 %RANDOM
Rwork0.22697 ---
obs0.22782 40958 97.7 %-
all-40958 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.22 Å20 Å20 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----6.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4852 0 21 0 4873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9446778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82838060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0325632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27223.718234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48115766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7231539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.23400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2020.22473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.23052
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.10553221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.54951298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.18765028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.57782063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.199111750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 125 -
Rwork0.367 2444 -
obs--79.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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