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- PDB-4exm: The crystal structure of an engineered phage lysin containing the... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4exm | ||||||
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Title | The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of T4-lysozyme | ||||||
![]() | Pesticin, Lysozyme Chimera | ||||||
![]() | TOXIN / HYDROLASE / bacterial lysin | ||||||
Function / homology | ![]() metabolic process / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seddiki, N. / Noinaj, N. / Fairman, J.W. / Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Buchanan, S.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens. Authors: Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Keller, P.W. / Chaturvedi, K.S. / Seddiki, N. / Fairman, J.W. / Noinaj, N. / Kirby, T.L. / Henderson, J.P. / Steven, A.C. / Hinnebusch, B.J. / Buchanan, S.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 507.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 421.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 486 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4epaC ![]() 4epfSC ![]() 4epiC ![]() 2lzmS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39700.004 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: SEE REMARK 999 / Mutation: G182R,C267T,C267A,R307I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: pst, YP_pPCP06, YPPCP1.05c, E / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-167 OF PESTICIN (UNP Q57159) AND RESIDUES 4-165 OF T4 ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% w/v PEG3350, 0.25 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2011 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. all: 44328 / Num. obs: 44328 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.9 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.773 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 4EPF AND 2LZM Resolution: 2.6→29.801 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2.01 / Phase error: 30.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.801 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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