+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4epf | ||||||
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Title | The crystal structure of pesticin from Yersinia pestis | ||||||
Components | Pesticin | ||||||
Keywords | TOXIN / bacterial toxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information metabolic process / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Buchanan, S.K. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens. Authors: Lukacik, P. / Barnard, T.J. / Keller, P.W. / Chaturvedi, K.S. / Seddiki, N. / Fairman, J.W. / Noinaj, N. / Kirby, T.L. / Henderson, J.P. / Steven, A.C. / Hinnebusch, B.J. / Buchanan, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4epf.cif.gz | 270.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4epf.ent.gz | 229.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4epf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41024.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Gene: pst, YP_pPCP06, YPPCP1.05c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q57159 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 20% w/v PEG3350, 0.25 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97925, 0.97939, 0.97172 | ||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2008 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.09→37 Å / Num. obs: 41037 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.6 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.5 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.15 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 91.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.09→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 10.502 / SU ML: 0.142 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.192 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.737 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→36.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.09→2.146 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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