PDB-2v8v: Crystal structure of mutant R322A of beta-alanine synthase from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v8v

タイトル

Crystal structure of mutant R322A of beta-alanine synthase from Saccharomyces kluyveri

要素

BETA-ALANINE SYNTHASE

キーワード

HYDROLASE / DI-ZINC CENTER / AMIDOHYDROLASE / ALPHA AND BETA PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ureidopropionase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / beta-ureidopropionase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Yeast -Alanine Synthase Complexes Reveal the Mode of Substrate Binding and Large Scale Domain Closure Movements.
著者: Lundgren, S. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.

履歴

登録	2007年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2v8v.ent.gz	266.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	2v8v_full_validation.pdf.gz	513.6 KB	表示
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CIF形式データ	2v8v_validation.cif.gz	78.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v8dC 2v8gC 2v8hC 1r43S 1r3n S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r3n-3 1z2l-d 6c0d-1 1r43-d 2imo-d 1r3n-2 5tp4-d 4wjb-2 1dzh-d 1oyh-d 3rza-d 4wjb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (5)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-ALANINE SYNTHASE

B: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: BETA-ALANINE SYNTHASE

D: BETA-ALANINE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.478, 84.903, 104.848
Angle α, β, γ (deg.)	67.45, 67.81, 62.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	26 - 259
2	1	1	2	B	26 - 259
3	1	1	2	C	26 - 259
4	1	1	2	D	26 - 259
1	2	1	2	A	273 - 303
2	2	1	2	B	273 - 303
3	2	1	2	C	273 - 303
4	2	1	2	D	273 - 303
1	3	1	2	A	313 - 452
2	3	1	2	B	313 - 452
3	3	1	2	C	313 - 452
4	3	1	2	D	313 - 452
1	1	2	2	A	22 - 25
2	1	2	2	D	22 - 25
1	2	2	2	A	260 - 272
2	2	2	2	D	260 - 272
1	3	2	2	A	304 - 312
2	3	2	2	D	304 - 312
1	4	2	2	A	453
2	4	2	2	D	453
1	1	3	2	B	22 - 25
2	1	3	2	C	22 - 25
1	2	3	4	B	260 - 272
2	2	3	4	C	260 - 272
1	3	3	4	B	304 - 312
2	3	3	4	C	304 - 312
1	4	3	4	B	453
2	4	3	4	C	453

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.236, 0.241, -0.941), (0.255, -0.95, -0.179), (-0.938, -0.198, -0.286)	-21.83398, -43.52464, -39.02735
2	given	(0.236, 0.241, -0.941), (0.255, -0.95, -0.179), (-0.938, -0.198, -0.286)	-21.83398, -43.52464, -39.02735
3	given	(0.238, 0.27, -0.933), (0.275, -0.94, -0.202), (-0.932, -0.208, -0.298)	-20.52694, -43.94784, -39.76049
4	given	(0.254, -0.259, 0.932), (-0.244, -0.949, -0.198), (0.936, -0.178, -0.304)	-34.51677, 42.11063, 59.23705
5	given	(0.255, -0.284, 0.924), (-0.279, -0.937, -0.211), (0.926, -0.204, -0.318)	-34.16972, 40.84229, 59.2235
6	given	(0.254, -0.259, 0.932), (-0.244, -0.949, -0.198), (0.936, -0.178, -0.304)	-34.51677, 42.11063, 59.23705

#1: タンパク質	BETA-ALANINE SYNTHASE 分子量: 51920.691 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-455 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES KLUYVERI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q96W94, beta-ureidopropionase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-URP / N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / N-CARBAMYL-BETA-ALANINE / BETA-UREIDOPROPIONATE / N-カルバモイル-β-アラニン分子量: 132.118 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈N₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 322 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 322 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 322 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 322 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 322 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 322 TO ALA
非ポリマーの詳細	1,4-DITHIOTHREITOL (DTT): C 503 IS CONNECTED BY A DISULFIDE BRIDGE TO CYS 168 IN CHAIN C
配列の詳細	THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION, THE LAST 20 ...THE N-TERMINAL METHIONINE IS ABSENT, MOST LIKELY DUE TO POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION, THE LAST 20 AMINO ACIDS CORRESPOND TO THE C-TERMINAL HIS-TAG, R322 OF THE DEPOSITED SEQUENCE IS REPLACED BY ALANINE IN THIS MUTANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: TRISODIUM CITRATE PH 6.0, DIOXANE,ACETONE, DTT, NA-HEPES PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.874
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.874 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→45 Å / Num. obs: 44094 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 46.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R43

1r43

解像度: 2.9→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 27.409 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2231	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	41837	93.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	1.19 Å²	0.45 Å²
2-	-	-1.14 Å²	-2.44 Å²
3-	-	-	2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13355	0	43	4	13402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	13736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.943	18583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.826	5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.859	24.614	635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.344	15	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.645	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	9413
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.062	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.319	1.5	8751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.558	2	13754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.043	3	5630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.701	4.5	4828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1619	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	1619	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	1619	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	1619	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	108	tight positional	0.04	0.05
3	1	B	12	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1495	medium positional	0.33	0.5
1	2	B	1495	medium positional	0.35	0.5
1	3	C	1495	medium positional	0.35	0.5
1	4	D	1495	medium positional	0.33	0.5
2	1	A	102	medium positional	0.38	0.5
3	1	B	190	medium positional	0.27	0.5
1	1	A	1619	tight thermal	0.06	0.5
1	2	B	1619	tight thermal	0.06	0.5
1	3	C	1619	tight thermal	0.06	0.5
1	4	D	1619	tight thermal	0.06	0.5
2	1	A	108	tight thermal	0.05	0.5
3	1	B	12	tight thermal	0.02	0.5
1	1	A	1495	medium thermal	0.47	2
1	2	B	1495	medium thermal	0.45	2
1	3	C	1495	medium thermal	0.44	2
1	4	D	1495	medium thermal	0.45	2
2	1	A	102	medium thermal	0.35	2
3	1	B	190	medium thermal	0.34	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.323	134
R_work	0.288	2457

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.1958	15.1956	-11.1198	29.3554	-13.7363	8.6207	-0.518	0.2975	-0.2951	0.3777	0.8614	-1.1049	-0.3583	-0.3329	-0.3434	-0.1085	-0.0599	-0.0663	0.1542	-0.0445	-0.3021	17.2648	7.7231	14.6368
2	0.5059	-0.0344	0.1547	0.2708	0.7043	1.9507	-0.0151	-0.0588	0.0138	0.0231	-0.0624	0.201	-0.0528	-0.1812	0.0775	-0.0991	0.0293	-0.0056	-0.1498	0.0469	-0.0674	-5.0476	2.6156	1.9874
3	0.4619	0.4384	1.0191	1.1307	1.7527	3.8083	-0.091	0.169	0.0527	-0.2597	0.0913	-0.0138	-0.2904	0.1933	-0.0003	-0.1363	-0.0367	-0.0031	-0.1608	0.0473	-0.0698	6.1469	0.2446	-7.2098
4	3.1438	-0.5173	0.4814	3.5543	-0.061	2.6475	-0.1925	-0.2016	0.033	0.1406	0.2174	0.2576	-0.026	-0.442	-0.0249	-0.1075	0.0421	-0.088	0.0388	0.0206	0.0143	-31.2117	-49.233	-38.3758
5	1.8391	1.44	1.6775	2.4112	2.2415	3.1645	-0.0691	0.0815	0.045	-0.1547	0.0622	0.04	-0.1208	-0.0441	0.007	-0.0861	0.0234	-0.0428	-0.1169	0.0307	-0.0514	-7.7349	-31.6582	-33.1379
6	3.8788	1.8513	1.9701	2.368	1.417	1.7675	-0.1519	0.2963	-0.0832	-0.285	0.1545	-0.0631	-0.1096	0.0759	-0.0026	-0.0081	0.0594	-0.0084	-0.1039	-0.0008	-0.051	-11.4239	-39.4347	-42.1355
7	10.2095	5.354	-5.815	40.8469	-6.4058	26.5442	-0.2915	1.8951	-1.3618	-1.2974	0.6737	-1.9159	1.8215	-0.0357	-0.3822	0.0308	-0.032	0.0447	0.112	-0.3096	0.0266	-19.5739	-60.5329	-57.288
8	2.9033	0.4863	-0.2479	3.8386	0.1433	2.9705	-0.1928	0.2344	-0.0989	-0.0801	0.2371	0.347	0.0691	-0.3693	-0.0443	-0.1347	-0.0451	0.0718	0.0521	0.0305	-0.0251	-69.6054	54.0567	24.9937
9	1.1187	-1.3754	-0.9689	2.081	1.6941	1.7979	-0.011	-0.0166	0.108	0.1075	0.0628	-0.1282	0.1391	-0.1498	-0.0518	-0.1063	-0.0405	0.0433	-0.0537	-0.0028	-0.0787	-46.5781	39.7464	19.3592
10	2.1824	-1.9337	-1.6317	3.4098	2.4185	2.3392	-0.0495	-0.2587	0.1891	0.1004	0.1302	-0.164	-0.0492	0.1629	-0.0807	-0.0852	-0.0664	-0.0202	-0.1156	0.0391	-0.0511	-44.8223	42.1235	22.7659
11	3.4189	1.2785	-0.3806	9.6604	3.7681	5.8217	-0.1369	-0.4553	-0.1901	1.0002	0.1935	0.0436	0.4178	0.1275	-0.0566	-0.0463	0.0787	0.0513	0.0133	0.0129	-0.1022	-63.0934	50.007	38.1961
12	13.5813	-3.4497	-3.1886	6.2055	3.8282	2.458	0.625	-0.248	0.5868	0.6911	-0.5237	-0.2819	-0.111	1.3098	-0.1014	-0.0086	0.0548	-0.142	0.0681	-0.1168	0.066	-19.7855	-6.1303	-25.4929
13	0.6023	0.0367	-0.0445	0.3934	0.7751	1.8007	0.0425	0.049	-0.0586	-0.02	-0.0539	0.1871	0.0611	-0.2232	0.0114	-0.1059	-0.0251	0.0154	-0.1295	0.0602	-0.0884	-43.8477	2.4151	-15.8138
14	0.2433	-0.2596	-0.8786	0.8802	1.1673	3.2938	-0.076	-0.1671	0.0092	0.2181	0.0626	-0.1019	0.2018	0.1667	0.0133	-0.147	0.0365	0.0103	-0.1272	0.04	-0.1022	-32.6195	5.2067	-6.2909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	130 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	318 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	23 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	219 - 274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	319 - 444
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	445 - 453
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	23 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	213 - 278
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	298 - 419
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	420 - 453
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	19 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	130 - 261
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	318 - 453

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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