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- PDB-4wjb: X-ray crystal structure of a putative amidohydrolase/peptidase fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wjb | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of a putative amidohydrolase/peptidase from Burkholderia cenocepacia | ||||||
![]() | Putative amidohydrolase/peptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / infectious disease / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lukacs, C.M. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray crystal structure of a putative amidohydrolase/peptidase from Burkholderia cenocepacia Authors: Lukacs, C.M. / Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 527.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 479 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 66.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 97.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1r3nS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45536.191 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 Gene: BCAM1221 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: B4EHA1, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: JCSG+h7: 25% PEG3350, 02M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→8.72 Å / Num. obs: 131228 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: dev_1779) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1R3N Resolution: 1.95→8.72 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→8.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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