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Yorodumi- PDB-5tp4: Crystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tp4 | ||||||
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Title | Crystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase from Burkholderia ambifaria | ||||||
Components | Amidase, hydantoinase/carbamoylase family | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Burkholderia ambifaria / hydantoinase / carbamoylase / amidase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia ambifaria (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of a hydantoinase/carbamoylase family amidase from Burkholderia ambifaria Authors: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tp4.cif.gz | 341.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tp4.ent.gz | 273.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/5tp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/5tp4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5i4mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45470.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia ambifaria (strain MC40-6) (bacteria) Strain: MC40-6 / Gene: BamMC406_1144 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: B1YW99, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase |
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-Non-polymers , 5 types, 1077 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Rigaku Reagents Morpheus screen G2: 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.02M sodium formate, 0.02M ammonium acetate, 0.02M trisodium citrate, 0.02M sodium ...Details: Rigaku Reagents Morpheus screen G2: 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.02M sodium formate, 0.02M ammonium acetate, 0.02M trisodium citrate, 0.02M sodium potassium L-tartrate, 0.02M sodium oxamate; BuamA.12245.a.B1.PS37939 at 12.3 mg/ml, tray 274677 g2, puck icb9-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 106677 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.87 / Num. measured all: 639016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5I4M Resolution: 1.7→43.992 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.32 Å2 / Biso mean: 18.6882 Å2 / Biso min: 4.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→43.992 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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