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Yorodumi- PDB-5i4m: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i4m | ||||||
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Title | Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia vietnamiensis | ||||||
Components | Amidase, hydantoinase/carbamoylase family | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / Amidase / hydantoinase/carbamoylase family / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia vietnamiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Amidase, hydantoinase/carbamoylase family from Burkholderia vietnamiensis Authors: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i4m.cif.gz | 344.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i4m.ent.gz | 275 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i4m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5i4m_validation.pdf.gz | 452.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5i4m_full_validation.pdf.gz | 453.9 KB | Display | |
Data in XML | 5i4m_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5i4m_validation.cif.gz | 62.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wjbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46466.590 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: BuviA.12245.b.B2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (bacteria) Strain: G4 / LMG 22486 / Gene: Bcep1808_5509 / Plasmid: BuviA.12245.b.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A4JQA0, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: MCSG1 screen B10: 24% PEG 4000, 20% glycerol, 160mM MgCl2, 100mM Tris/HCl pH 8.5; BuviA.12245.b.B2.PS02523 at 18.3 mg/ml, + 3mM Alanine; cryo: direct; tray 267436b10, puck LWQ9-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.935 Å / Num. obs: 80654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.33 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4wjb Resolution: 1.8→47.935 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.01 Å2 / Biso mean: 16.793 Å2 / Biso min: 5.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→47.935 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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