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- PDB-4eow: Crystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eow
タイトルCrystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody MB007
要素
  • MB007 IgG1 Fab fragment light chain
  • MB007 human IgG1 Fab fragment heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunsystem / alpha-helical stretch in CDR3-H / protein-docking / Immunoglobulin IgG1 (lambda) / autoantibody causing PAP / GM-CSF
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin lambda constant 2 / Immunoglobulin lambda constant 3 / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Blech, M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Molecular structure of human GM-CSF in complex with a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody and its potential biological implications.
著者: Blech, M. / Seeliger, D. / Kistler, B. / Bauer, M.M. / Hafner, M. / Horer, S. / Zeeb, M. / Nar, H. / Park, J.E.
履歴
登録2012年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.src_method / _struct_ref.db_code ..._entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MB007 human IgG1 Fab fragment heavy chain
L: MB007 IgG1 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5422
ポリマ－47,5422
非ポリマー00
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.289, 47.786, 159.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細MB007 Fab biological assembly consists of one monomer of light chain and heavy chain covalently linked by disulphide bonds

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要素

#1: 抗体 MB007 human IgG1 Fab fragment heavy chain


分子量: 24574.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: S6B291, UniProt: P01857*PLUS
#2: 抗体 MB007 IgG1 Fab fragment light chain / Ig lambda chain C region Kern / Ig lambda chain C region NIG-64 / Ig lambda chain C region SH / Ig ...Ig lambda chain C region Kern / Ig lambda chain C region NIG-64 / Ig lambda chain C region SH / Ig lambda chain C region X / Ig lambda-2 chain C region


分子量: 22967.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLC2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOY2, UniProt: P0DOY3*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 19% PEG 4000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 37111 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.9→2.1 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2869 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9303 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9147 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 1771 4.99 %RANDOM
Rwork0.2239 ---
obs0.2256 35513 95.47 %-
all-37111 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2649 Å20 Å20 Å2
2--0.459 Å20 Å2
3----2.7238 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.382 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 0 316 3626
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1098SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes501HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3402HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion449SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3859SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3402HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4642HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.51
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.03 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 128 4.46 %
Rwork0.2465 2741 -
all0.2481 2869 -
obs-35513 95.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31810.25710.27382.22961.01610.86490.0111-0.1976-0.03550.2765-0.18510.13830.0273-0.15080.174-0.20260.01060.00470.085-0.0485-0.0536-11.7798-20.901419.2674
20.41390.0682-0.18721.21220.78482.2997-0.0373-0.09280.05810.0870.1349-0.0951-0.24070.2043-0.0976-0.2115-0.0101-0.02390.0548-0.0427-0.03694.5091-17.111512.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|* }H1 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|* }L2 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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