PDB-4edx: Nerve Growth Factor in Complex with Fab from mouse mAb 911

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edx

タイトル

Nerve Growth Factor in Complex with Fab from mouse mAb 911

要素

Beta-nerve growth factor
heavy chain of Fab of murine anti-NGF
light chain of FAB of murine anti-NGF

キーワード

IMMUNE SYSTEM / cystine knot / immunoglobulin / growth/survival factor

機能・相同性

機能・相同性情報

NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / regulation of neurotransmitter secretion / NADE modulates death signalling / positive regulation of collateral sprouting / Signalling to p38 via RIT and RIN / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / ARMS-mediated activation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / Frs2-mediated activation / NRAGE signals death through JNK / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / positive regulation of axon extension / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / positive regulation of neuron differentiation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / neuron projection morphogenesis / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / circadian rhythm / synaptic vesicle / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / axon / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / dendrite / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Eigenbrot, C. / Ultsch, M.

引用

ジャーナル: MAbs
タイトル: Generation of a high-fidelity antibody against nerve growth factor using library scanning mutagenesis and validation with structures of the initial and optimized Fab-antigen complexes.
著者: La Porte, S.L. / Eigenbrot, C. / Ultsch, M. / Ho, W.H. / Foletti, D. / Forgie, A. / Lindquist, K.C. / Shelton, D.L. / Pons, J.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edx.cif.gz	419.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edx.ent.gz	345.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4edx_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4edx_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	4edx_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	4edx_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4edwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vxs-1 2vxs-2 7czf-1 7cze-1 7cze-2 4jkx-1 7cze-3 4qhu-d 2fss-3 4gf1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
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抗体 (Antibodies)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

W: Beta-nerve growth factor

A: light chain of FAB of murine anti-NGF

B: heavy chain of Fab of murine anti-NGF

V: Beta-nerve growth factor

L: light chain of FAB of murine anti-NGF

H: heavy chain of Fab of murine anti-NGF

122 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.748, 69.931, 83.736
Angle α, β, γ (deg.)	104.34, 94.13, 110.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	V
2	1	W
1	2	L
2	2	A
1	3	H
2	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	V	10 - 60
2	1	1	3	W	10 - 60
1	2	1	3	V	67 - 115
2	2	1	3	W	67 - 115
1	1	2	3	L	1 - 214
2	1	2	3	A	1 - 214
1	1	3	3	H	2 - 99
2	1	3	3	B	2 - 99
1	2	3	3	H	101 - 190
2	2	3	3	B	101 - 190
1	3	3	6	H	191 - 200
2	3	3	6	B	191 - 200
1	4	3	3	H	201 - 228
2	4	3	3	B	201 - 228

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Beta-nerve growth factor / Beta-NGF 分子量: 13515.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138
#2: 抗体	light chain of FAB of murine anti-NGF 分子量: 23779.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	heavy chain of Fab of murine anti-NGF 分子量: 23681.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: PEG 3350, zinc acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 38098 / Num. obs: 38098 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 57 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→30.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 10.386 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.698 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2579	1015	2.6 %	RANDOM
R_work	0.20804	-	-	-
all	0.20932	37866	-	-
obs	0.20932	37866	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.337 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.14 Å²	0.45 Å²	1.74 Å²
2-	-	-0.19 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8200	0	0	98	8298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	8398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.116	1.938	11420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.768	3	16951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	8236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.104	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.196	2.5	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.669	5	8560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.323	2.5	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.547	5	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	V	591	tight positional	0.02	0.05
2	L	1262	tight positional	0.02	0.05
3	H	1169	tight positional	0.03	0.05
1	V	905	loose positional	0.44	5
2	L	1852	loose positional	0.39	5
3	H	1812	loose positional	0.31	5
1	V	591	tight thermal	0.05	0.5
2	L	1262	tight thermal	0.06	0.5
3	H	1169	tight thermal	0.06	0.5
1	V	905	loose thermal	1.19	10
2	L	1852	loose thermal	1.34	10
3	H	1812	loose thermal	1.28	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.551 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.352	61
R_work	0.309	2236

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0872	0.4081	1.7451	1.5116	1.2691	3.0475	-0.1702	0.1059	0.2303	0.0046	0.0392	0.1079	-0.2533	0.3285	0.131	0.1157	-0.0237	-0.0005	0.1672	0.065	0.1635	17.884	4.031	13.639
2	4.2231	-0.3618	-3.3964	0.4242	1.2821	5.6786	-0.2122	-0.4744	0.2213	0.2778	0.1838	-0.1057	0.0661	0.4527	0.0285	0.3531	0.0481	-0.0376	0.1187	-0.056	0.1156	11.531	14.967	49.282
3	2.5093	0.7303	-1.5118	0.7719	-0.5287	3.1275	0.1141	0.0928	0.0768	0.014	-0.0665	-0.0353	-0.1302	-0.0662	-0.0476	0.0962	0.0503	0.0374	0.0836	0.0556	0.1141	-3.667	8.117	11.714
4	4.9624	0.253	0.3596	1.9728	1.029	2.5405	-0.0417	-0.0708	0.6447	0.3657	-0.0921	0.084	-0.2911	-0.1907	0.1338	0.3218	0.0367	-0.0203	0.0051	-0.0004	0.2068	2.579	23.72	39.155
5	4.9581	0.3353	-2.3528	1.3266	-0.0845	2.0164	0.0374	-0.2673	-0.156	-0.0184	-0.0871	0.0253	-0.1285	0.1381	0.0497	0.0933	0.0055	-0.0241	0.1587	0.0525	0.1069	23.139	16.667	-38.995
6	1.2577	1.0477	0.9007	1.4631	1.1572	3.0968	0.077	0.1028	-0.1455	-0.175	-0.0798	-0.1342	0.282	0.1636	0.0028	0.1169	0.1127	0.0225	0.1457	0.0087	0.0477	36.9	8.784	-73.359
7	1.3872	0.5104	-0.141	1.3653	0.5136	5.7692	-0.0155	0.2136	-0.1153	-0.0353	0.0354	0.1729	0.3833	-0.2885	-0.0199	0.1461	-0.0254	-0.0306	0.1536	-0.0328	0.1659	9.803	-0.056	-43.74
8	5.2045	0.4084	0.4428	2.8957	-0.0441	2.4372	0.1915	0.218	-0.5243	0.0228	-0.2368	-0.2729	0.5057	0.1034	0.0452	0.2877	0.0975	-0.0702	0.0439	0.0192	0.187	32.914	-4.961	-65.867
9	1.5459	0.8166	-0.9182	1.5819	0.5046	2.6785	-0.1129	0.0283	-0.1382	-0.0724	-0.0071	-0.0293	0.3616	0.1124	0.12	0.1039	-0.003	0.0208	0.1281	0.0709	0.1139	10.835	0.068	-13.318
10	3.4144	-0.4631	0.0941	-0.1584	0.5359	3.2907	-0.0247	0.1149	0.0232	0.2061	0.0428	0.0441	-0.3241	-0.1763	-0.0181	0.0986	-0.0051	0.0511	0.1223	0.0866	0.1352	7.121	12.372	-16.321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	108 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	115 - 228
9	X-RAY DIFFRACTION	9	V	10 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	W	10 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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