PDB-4eds: Crystal structure of far-red fluorescent protein eqFP670

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eds

タイトル

Crystal structure of far-red fluorescent protein eqFP670

要素

far-red fluorescent protein eqFP650

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / beta barrel

機能・相同性

Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Far-red fluorescent protein eqFP650

機能・相同性情報

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pletnev, S. / Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural basis for bathochromic shift of fluorescence in far-red fluorescent proteins eqFP650 and eqFP670.
著者: Pletnev, S. / Pletneva, N.V. / Souslova, E.A. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, V.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eds.cif.gz	113.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eds.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eds_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eds_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	4eds_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	4eds_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4eds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4eds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4edoC 3bxb 3ip2 3pj7 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ssp-d 3lsa-2 6myb-4 2qz0-d 3w1c-d 5dqm-d 3mgf-3 3svb-d 3rlc-d 6myb-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: far-red fluorescent protein eqFP650

B: far-red fluorescent protein eqFP650

54.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: far-red fluorescent protein eqFP650

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: far-red fluorescent protein eqFP650

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
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3

A: far-red fluorescent protein eqFP650

B: far-red fluorescent protein eqFP650

A: far-red fluorescent protein eqFP650

B: far-red fluorescent protein eqFP650

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.605, 104.605, 214.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	far-red fluorescent protein eqFP650 分子量: 27332.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: J9PBR8*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5 M Na Acetate, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 92328 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	12.4	0.515	9064	0.802	1	100
1.66-1.72	17.4	0.371	9085	0.818	1	100
1.72-1.8	21.9	0.269	9110	0.848	1	100
1.8-1.9	22	0.172	9109	0.909	1	100
1.9-2.02	22	0.111	9156	0.97	1	100
2.02-2.17	22.1	0.088	9135	1.039	1	100
2.17-2.39	22.1	0.085	9235	1.039	1	100
2.39-2.74	22	0.062	9247	1.068	1	100
2.74-3.45	21.8	0.059	9351	0.985	1	99.9
3.45-30	20.7	0.042	9836	0.955	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.4_156	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→29.903 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.8715 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	4619	5.01 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1805	92226	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.729 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.46 Å² / B_iso mean: 24.4108 Å² / B_iso min: 9.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0363 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.0363 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.0727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3494	0	0	360	3854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.578	5584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	756
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.57	1547

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6159	0.2828	163	0.238	2821	2984	99
1.6159-1.635	0.228	136	0.2165	2887	3023	100
1.635-1.6549	0.2179	170	0.2066	2838	3008	100
1.6549-1.6758	0.2691	137	0.2046	2910	3047	100
1.6758-1.6979	0.2507	154	0.2053	2851	3005	100
1.6979-1.7211	0.2152	148	0.1941	2888	3036	100
1.7211-1.7457	0.2385	145	0.1907	2904	3049	100
1.7457-1.7718	0.2011	143	0.1969	2874	3017	100
1.7718-1.7995	0.2127	148	0.2032	2892	3040	100
1.7995-1.829	0.2517	145	0.1929	2876	3021	100
1.829-1.8605	0.2287	146	0.1993	2891	3037	100
1.8605-1.8943	0.2315	147	0.1969	2915	3062	100
1.8943-1.9308	0.204	167	0.1973	2859	3026	100
1.9308-1.9702	0.2005	142	0.1965	2911	3053	100
1.9702-2.013	0.2272	162	0.1836	2903	3065	100
2.013-2.0598	0.1967	151	0.183	2880	3031	100
2.0598-2.1113	0.1918	143	0.1792	2914	3057	100
2.1113-2.1684	0.203	145	0.185	2904	3049	100
2.1684-2.2322	0.222	171	0.185	2912	3083	100
2.2322-2.3042	0.2055	148	0.1869	2905	3053	100
2.3042-2.3865	0.2019	143	0.1836	2949	3092	100
2.3865-2.482	0.2158	150	0.1841	2923	3073	100
2.482-2.5949	0.197	175	0.1835	2896	3071	100
2.5949-2.7316	0.1986	170	0.1866	2929	3099	100
2.7316-2.9026	0.2168	163	0.1852	2950	3113	100
2.9026-3.1265	0.2188	168	0.1923	2950	3118	100
3.1265-3.4408	0.1837	160	0.1709	2957	3117	100
3.4408-3.9377	0.1938	156	0.1499	3023	3179	100
3.9377-4.9574	0.1279	159	0.1282	3048	3207	100
4.9574-29.903	0.169	164	0.1734	3247	3411	100

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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