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万見
- PDB-5dqm: Green/cyan WasCFP at pH 2.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqm
タイトルGreen/cyan WasCFP at pH 2.0
要素WasCFP_pH2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Green/cyan fluorescent protein / anionic Trp based chromophore / pH and T dependence
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea coerulescens (おわんくらげ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research14-04-00004 ロシア
Molecular Cell Biology fund ロシア
引用ジャーナル: Russ.J.Bioorganic Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of pH and T dependent green fluorescent protein WasCFP with Trp based chromophore
著者: Pletnev, V.Z. / Pletneva, N. / Efremov, R.G. / Goryacheva, E.A. / Artemyev, I.V. / Arkhipova, S.F. / Sarkisyan, K.S. / Mishin, A.S. / Lukyanov, K.A. / Pletnev, S.V.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WasCFP_pH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0601
ポリマ－28,0601
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.268, 51.528, 47.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WasCFP_pH2


分子量: 28059.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea coerulescens (おわんくらげ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2
詳細: 0.1 M Citric acid pH 5.5, 1 M LiCl, 30 % PEG 6000. Prior to data collection pH of the cryoprotectant was adjusted to 2.0 by citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 53938 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.893 / Net I/av σ(I): 25.542 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 205757
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.3-1.353.60.58252070.80493.6
1.35-1.43.80.50552960.83794.7
1.4-1.463.90.35552750.84995.2
1.46-1.543.90.23753110.81295.8
1.54-1.643.90.15754080.82796.2
1.64-1.763.90.11553890.88696.8
1.76-1.943.80.0854260.99197.4
1.94-2.223.80.05854960.9898
2.22-2.83.80.04155760.95698.7
2.8-303.70.02255540.9797.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DQB

5dqb


解像度: 1.3→22.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1929 / WRfactor Rwork: 0.1632 / FOM work R set: 0.796 / SU B: 2.626 / SU ML: 0.048 / SU R Cruickshank DPI: 0.0525 / SU Rfree: 0.0544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 1093 2 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.1632 52764 96.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 17.335 Å2 / Biso min: 7.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→22.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 0 167 1979
Biso mean---25.92 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0191933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5051.9742626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19134227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8075242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3425.60491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06315341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.161156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.65733757
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.983574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.46953802
LS精密化 シェル解像度: 1.298→1.331 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 59 -
Rwork0.217 3685 -
all-3744 -
obs--91.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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