PDB-4e3i: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a design...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e3i

タイトル

Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a designed 3-carboxyl benzyl sulfonamide boronic acid inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class c / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Fragment-guided design of subnanomolar beta-lactamase inhibitors active in vivo.
著者: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Dalmasso, G. / Barelier, S. / Caselli, E. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F.

履歴

登録	2012年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e3i.cif.gz	303.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e3i.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e3i_validation.pdf.gz	962.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e3i_full_validation.pdf.gz	966.3 KB	表示
XML形式データ	4e3i_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4e3i_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e3jC 4e3kC 4e3lC 4e3mC 4e3nC 4e3oC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ke3-1 1iem-2 6dy1-d 1llb-2 1my8-1 4kz6-2 1xgj-2 2rcx-2 5cgx-d 4e3k-2 4kz8-1 3bls-2 4old-2 4kg2-1 4ken-d 6dpx-1 1l0d-2 4kg5-1 4lv2-1 3o88-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.460, 77.140, 97.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.670, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-0N3 / 3-({[(dihydroxyboranyl)methyl]sulfamoyl}methyl)benzoic acid 分子量: 273.071 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂BNO₆S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→29.545 Å / Num. obs: 98113 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.396 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 14.65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.6-1.64		0.54	1.99	18465	7171	93.4
1.64-1.69		0.429	2.47	18012	6963	93.8
1.69-1.74		0.333	3.2	17665	6782	94.1
1.74-1.79		0.253	4.13	17430	6661	94.5
1.79-1.85		0.195	5.31	17038	6485	94.6
1.85-1.91		0.15	6.65	16412	6256	94.5
1.91-1.98		0.111	9.13	15796	6024	95
1.98-2.07		0.085	11.49	15345	5843	95.1
2.07-2.16		0.066	14.41	14536	5577	95
2.16-2.26		0.055	17.12	13940	5359	95
2.26-2.39		0.047	19.01	13275	5121	95.2
2.39-2.53		0.041	21.25	12481	4829	95.2
2.53-2.7		0.037	23.34	11753	4575	95.8
2.7-2.92		0.032	26.8	10793	4217	95.7
2.92-3.2		0.027	30.33	9925	3937	95.2
3.2-3.58		0.023	33.95	8708	3511	94.8
3.58-4.13		0.021	36.53	7823	3118	95
4.13-5.06		0.019	38	6863	2683	96
5.06-7.16		0.018	37.42	5378	2092	96.5
	7.16	0.019	37.81	2231	909	73.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KE4

1ke4

解像度: 1.6→29.545 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.8795 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1888	3603	3.67 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1648	98110	94.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.471 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.29 Å² / B_iso mean: 25.2824 Å² / B_iso min: 9.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7673 Å²	0 Å²	3.2883 Å²
2-	-	-2.2351 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.5321 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.545 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5485	0	61	633	6179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.313	8106
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.108	2147

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.621	0.3394	147	0.291	3526	3673	93
1.621-1.6432	0.2641	152	0.2659	3646	3798	94
1.6432-1.6667	0.3067	146	0.2622	3522	3668	94
1.6667-1.6916	0.2619	150	0.2496	3583	3733	94
1.6916-1.718	0.2947	101	0.2311	3633	3734	94
1.718-1.7461	0.2284	100	0.2122	3611	3711	94
1.7461-1.7763	0.2066	141	0.1984	3652	3793	95
1.7763-1.8085	0.2313	147	0.1881	3613	3760	95
1.8085-1.8433	0.2165	139	0.1813	3593	3732	95
1.8433-1.8809	0.1792	125	0.1804	3650	3775	95
1.8809-1.9218	0.1985	98	0.1698	3661	3759	95
1.9218-1.9665	0.193	129	0.1619	3640	3769	95
1.9665-2.0157	0.2074	145	0.1615	3672	3817	95
2.0157-2.0702	0.195	123	0.1587	3634	3757	95
2.0702-2.1311	0.2009	156	0.156	3646	3802	95
2.1311-2.1999	0.1906	162	0.155	3617	3779	95
2.1999-2.2785	0.1916	128	0.1533	3681	3809	95
2.2785-2.3696	0.1927	129	0.1551	3639	3768	95
2.3696-2.4774	0.1897	137	0.159	3639	3776	95
2.4774-2.608	0.2134	145	0.165	3706	3851	96
2.608-2.7713	0.1829	153	0.1696	3659	3812	96
2.7713-2.985	0.1799	158	0.1685	3662	3820	96
2.985-3.2851	0.1769	151	0.1623	3672	3823	95
3.2851-3.7596	0.1461	133	0.1382	3645	3778	94
3.7596-4.7336	0.1505	173	0.1263	3722	3895	96
4.7336-29.5499	0.2025	135	0.171	3583	3718	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5907	0.4994	-0.2643	1.0041	-0.0136	1.0182	0.0228	-0.1164	-0.0209	0.1193	-0.0453	0.069	0.2335	-0.0747	0.0193	0.1692	-0.0305	0.0028	0.0858	-0.0167	0.0945	24.7943	-7.8257	22.565
2	1.0567	-0.089	-0.3581	2.1736	-0.5249	1.2742	0.0177	0.1598	0.0926	-0.2693	-0.0094	-0.0989	-0.0224	0.0402	-0.01	0.1323	-0.0167	0.0037	0.1341	0.0068	0.1336	37.8553	8.3277	7.328
3	1.2083	0.5975	-0.0965	1.16	0.1143	1.101	0.0272	-0.1357	0.0137	0.1595	-0.051	-0.041	0.1106	0.0504	0.0234	0.1259	0.0017	-0.0087	0.09	-0.002	0.1054	30.6966	-1.6961	22.7364
4	1.2623	-0.2608	0.2573	1.3081	-0.1173	1.6381	-0.1783	-0.1018	-0.2188	0.0177	0.1541	-0.1707	0.4591	0.7232	-0.031	0.1622	0.0883	0.0046	0.3428	0.0049	0.1455	79.0882	-10.4075	24.056
5	0.9615	0.3433	-0.19	1.32	0.2017	1.8957	0.0232	-0.1268	0.0837	0.2188	0.0597	-0.028	-0.3051	0.2028	-0.0799	0.1953	-0.0656	0.0076	0.1681	-0.0227	0.1427	64.8625	15.8192	35.1772
6	0.8842	-0.4212	-0.3699	1.2433	0.1311	2.0932	-0.0546	-0.0598	-0.0506	-0.0227	0.0688	-0.052	0.1742	0.3028	0.0002	0.0859	-0.0265	-0.0066	0.1814	0.0002	0.1228	70.7748	-2.6832	25.4185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:90)	A	4 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 91:182)	A	91 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 183:361)	A	183 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 5:83)	B	5 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 84:155)	B	84 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 156:361)	B	156 - 361

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