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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+28 | ||||||
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タイトル | Structure of human thymidylate synthase in inactive conformation with a novel non-peptidic inhibitor | ||||||
要素 | Thymidylate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Human Thymidylate Synthase (hTS) inactive conformation / hTS-Inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / DNA biosynthetic process / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to progesterone / response to cytokine / liver regeneration / response to toxic substance / 概日リズム / メチル化 / response to ethanol / ミトコンドリア内膜 / negative regulation of translation / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å | ||||||
データ登録者 | Tochowicz, A. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. / Costi, M.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012 タイトル: Inhibitor of ovarian cancer cells growth by virtual screening: a new thiazole derivative targeting human thymidylate synthase. 著者: Carosati, E. / Tochowicz, A. / Marverti, G. / Guaitoli, G. / Benedetti, P. / Ferrari, S. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J. / Luciani, R. / Farina, D. / Cruciani, G. / Costi, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e28.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e28.ent.gz | 99.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1hvyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37320.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-0MZ / | #4: 化合物 | ChemComp-9MZ / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 20 uM BME, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 |
放射 | モノクロメーター: KHOZU double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 19711 / Num. obs: 18949 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 11 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HVY 解像度: 2.302→29.225 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.929 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.302→29.225 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 50.4411 Å / Origin y: -8.132 Å / Origin z: 16.1033 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |