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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dya | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of WSN/A Influenza Nucleoprotein with BMS-885986 Ligand Bound | ||||||
![]() | Nucleocapsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be determined 著者: Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56806.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/WSN/1933(H1N1) / 遺伝子: NP / プラスミド: pET30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→102.881 Å / Num. obs: 26867 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 53.888 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 15.61 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.4 Å2 / Biso mean: 48.7115 Å2 / Biso min: 7.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
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