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万見
- PDB-2fr6: Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Cytidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fr6
タイトルCrystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Cytidine
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / CYTIDINE DEAMINASE / ZINC / CYTIDINE / URIDINE / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / SUBSTRATE-PRODUCT INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / dCMP catabolic process / cytidine deaminase / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage ...Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / dCMP catabolic process / cytidine deaminase / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage / nucleoside binding / response to cycloheximide / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell growth / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / AMMONIA / URIDINE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Teh, A.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The 1.48 A Resolution Crystal Structure of the Homotetrameric Cytidine Deaminase from Mouse
著者: Teh, A.H. / Kimura, M. / Yamamoto, M. / Tanaka, N. / Yamaguchi, I. / Kumasaka, T.
履歴
登録2006年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,94214
ポリマ－64,5944
非ポリマー1,34910
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,88428
ポリマ－129,1878
非ポリマー2,69720
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area28310 Å2
ΔGint-486 kcal/mol
Surface area37180 Å2
手法PISA
3
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,88428
ポリマ－129,1878
非ポリマー2,69720
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation7_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
Buried area16300 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area49190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.199, 92.961, 180.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

SO4

21A-1060-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS SIMILAR TO THE TETRAMER CONTAINED IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase


分子量: 16148.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-21c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56389, cytidine deaminase

-
非ポリマー , 6種, 368分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CTN / 4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE / CYTIDINE / シチジン


分子量: 243.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O5
#5: 化合物 ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#6: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.9M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M CITRATE, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→33.59 Å / Num. all: 42537 / Num. obs: 42537 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 11.4 / Scaling rejects: 1478
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.53 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured all: 19190 / Num. unique all: 4184 / Num. unique obs: 4184 / Χ2: 1.05 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FR5

2fr5


解像度: 2.07→33.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 90351.289 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Due to excessive electron density, NH1 of ARG 68 was refined with unit occupancy for both alternate conformations in the four subunits. Disordered atoms were refined with zero occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2130 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-42417 --
obs-42417 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.423 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--4.97 Å20 Å2
3----3.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→33.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4255 0 78 358 4691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.842.5
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 369 5.3 %
Rwork0.246 6543 -
obs-6912 99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2CYT.paramCYT.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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