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万見
- PDB-1zab: Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with 3-De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zab
タイトルCrystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with 3-Deazauridine
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / mouse / cytidine deaminase / zinc / 3-deazauridine / substrate dissociation
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / dCMP catabolic process / cytidine deaminase / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage ...Pyrimidine salvage / negative regulation of nucleotide metabolic process / CMP catabolic process / dCMP catabolic process / cytidine deaminase / cellular response to external biotic stimulus / deaminase activity / : / cytidine deaminase activity / UMP salvage / nucleoside binding / response to cycloheximide / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell growth / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-URD / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Teh, A.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The 1.48 A Resolution Crystal Structure of the Homotetrameric Cytidine Deaminase from Mouse
著者: Teh, A.H. / Kimura, M. / Yamamoto, M. / Tanaka, N. / Yamaguchi, I. / Kumasaka, T.
履歴
登録2005年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,92413
ポリマ－64,5944
非ポリマー1,3319
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12930 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,84826
ポリマ－129,1878
非ポリマー2,66118
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area28410 Å2
ΔGint-498 kcal/mol
Surface area37140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.237, 92.361, 180.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1005-

SO4

詳細The biological assembly is similar to the tetramer contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase


分子量: 16148.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56389, cytidine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-URD / 1-((2R,3R,4S,5R)-TETRAHYDRO-3,4-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)FURAN-2-YL)PYRIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 3-DEAZAURIDINE


タイプ: RNA linking / 分子量: 243.213 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Ammonium sulphate, citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→48.56 Å / Num. all: 28544 / Num. obs: 28544 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.21 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 5.28 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2834 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
BBSデータ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FR5

2fr5


解像度: 2.36→48.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 91083.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Disordered atoms were refined with zero occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1368 4.9 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 28184 98 %-
all-28184 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.5162 Å2 / ksol: 0.37304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2--6.01 Å20 Å2
3----5.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4252 0 77 309 4638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 204 4.4 %
Rwork0.204 4393 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4URD.paramURD.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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