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万見
- PDB-4dxd: Staphylococcal Aureus FtsZ in complex with 723 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxd
タイトルStaphylococcal Aureus FtsZ in complex with 723
要素Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / Rossmann Fold / GTPase / GTP binding / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9PC / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lu, J. / Soisson, S.M.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2012
タイトル: Restoring methicillin-resistant Staphylococcus aureus susceptibility to beta-lactam antibiotics.
著者: Tan, C.M. / Therien, A.G. / Lu, J. / Lee, S.H. / Caron, A. / Gill, C.J. / Lebeau-Jacob, C. / Benton-Perdomo, L. / Monteiro, J.M. / Pereira, P.M. / Elsen, N.L. / Wu, J. / Deschamps, K. / ...著者: Tan, C.M. / Therien, A.G. / Lu, J. / Lee, S.H. / Caron, A. / Gill, C.J. / Lebeau-Jacob, C. / Benton-Perdomo, L. / Monteiro, J.M. / Pereira, P.M. / Elsen, N.L. / Wu, J. / Deschamps, K. / Petcu, M. / Wong, S. / Daigneault, E. / Kramer, S. / Liang, L. / Maxwell, E. / Claveau, D. / Vaillancourt, J. / Skorey, K. / Tam, J. / Wang, H. / Meredith, T.C. / Sillaots, S. / Wang-Jarantow, L. / Ramtohul, Y. / Langlois, E. / Landry, F. / Reid, J.C. / Parthasarathy, G. / Sharma, S. / Baryshnikova, A. / Lumb, K.J. / Pinho, M.G. / Soisson, S.M. / Roemer, T.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7073
ポリマ－41,9081
非ポリマー7992
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.715, 54.650, 84.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 41907.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ftsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A031
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-9PC / 3-[(6-chloro[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-yl)methoxy]-2,6-difluorobenzamide / PC190723 / PC-190723


分子量: 355.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8ClF2N3O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH8.5 and 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→40.46 Å / Num. all: 20207 / Num. obs: 19629 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.7精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.9.7精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→40.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9291 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 999 5.1 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
all0.1892 20207 --
obs0.1892 19599 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.36 Å2 / Biso mean: 37.0147 Å2 / Biso min: 19.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8965 Å20 Å25.4407 Å2
2---5.6809 Å20 Å2
3---1.7844 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2147 0 51 76 2274
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d768SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes329HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it2230HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion314SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2735SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2230HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3029HARMONIC21.34
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.64
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 140 4.93 %
Rwork0.2145 2701 -
all0.2168 2841 -
obs--98.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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