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- PDB-5z94: Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z94
タイトルCrystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide
要素
  • Gene for histone H3 (germline gene)
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / structural constituent of chromatin / nucleosome / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3/CENP-A / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / Gene for histone H3 (germline gene)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Zhang, X. / Li, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide
著者: Zhang, X. / Li, H.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: Gene for histone H3 (germline gene)
D: Gene for histone H3 (germline gene)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,23214
ポリマ－66,1564
非ポリマー1,07610
水9,134507
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: Gene for histone H3 (germline gene)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6167
ポリマ－33,0782
非ポリマー5385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: Gene for histone H3 (germline gene)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6167
ポリマ－33,0782
非ポリマー5385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.472, 76.260, 75.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 31427.162 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド Gene for histone H3 (germline gene)


分子量: 1650.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: V9H1G0

-
非ポリマー , 5種, 517分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60593 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Num. unique obs: 3065 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.899→37.636 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 2779 4.59 %
Rwork0.1607 --
obs0.1621 60593 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→37.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4406 0 62 507 4975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8516246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2732750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.899-1.93170.28961050.23472733X-RAY DIFFRACTION94
1.9317-1.96690.24851250.2182876X-RAY DIFFRACTION100
1.9669-2.00470.23921860.19912884X-RAY DIFFRACTION100
2.0047-2.04560.20791580.17782849X-RAY DIFFRACTION100
2.0456-2.09010.19141330.15662888X-RAY DIFFRACTION100
2.0901-2.13870.19451450.16082864X-RAY DIFFRACTION100
2.1387-2.19220.18461300.15462912X-RAY DIFFRACTION100
2.1922-2.25140.1981520.15112858X-RAY DIFFRACTION100
2.2514-2.31770.17661270.1482916X-RAY DIFFRACTION100
2.3177-2.39250.17951150.15522935X-RAY DIFFRACTION100
2.3925-2.4780.23561190.16522906X-RAY DIFFRACTION100
2.478-2.57720.17561300.16362915X-RAY DIFFRACTION100
2.5772-2.69440.2321440.16982932X-RAY DIFFRACTION100
2.6944-2.83640.21291740.16432842X-RAY DIFFRACTION100
2.8364-3.01410.21641660.16372864X-RAY DIFFRACTION100
3.0141-3.24670.17341290.16562922X-RAY DIFFRACTION100
3.2467-3.57320.16321420.15472895X-RAY DIFFRACTION100
3.5732-4.08970.15851310.14432900X-RAY DIFFRACTION100
4.0897-5.15050.1511200.13682960X-RAY DIFFRACTION100
5.1505-37.64380.21071480.17582963X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4386-0.55340.55310.7433-0.56520.80730.0091-0.19060.06980.21640.0192-0.0359-0.3405-0.2200.21380.02020.0250.2738-0.02160.1736-15.9256-1.333417.2126
2-0.0016-0.0105-0.02760.01240.03650.0383-0.00450.0776-0.58020.4437-0.0665-0.7834-0.15780.4172-0.00020.359-0.1109-0.0040.52290.05370.39697.7634-0.2539-3.4535
30.22680.0904-0.1270.4148-0.05890.013-0.1832-0.06550.05230.14830.0585-0.36640.01470.1926-00.19320.0313-0.0370.1580.02030.20062.39643.8922-13.5171
40.5080.5146-0.11770.98120.17380.7314-0.01150.0244-0.0226-0.1407-0.0718-0.09370.0858-0.169300.19820.00620.01850.21790.03020.1805-12.025-8.49864.0738
50.54170.3770.1201-0.3075-0.25121.25-0.1180.0346-0.10010.01910.0590.05890.1918-0.1407-00.20580.00670.01570.12170.01810.1639-9.7754-2.6446-16.0439
60.14610.0132-0.16660.5833-0.32260.55770.02930.01820.19720.10190.03020.0525-0.4362-0.3155-0.00010.24290.07340.01770.2855-0.00610.2528-17.85516.50975.0548
71.42710.32130.35320.9352-0.78292.316-0.0016-0.40930.02630.2452-0.085-0.149-0.20620.0086-0.070.14470.00960.01220.1909-0.03790.1414-10.3997-1.928915.8593
80.3507-0.27920.37380.7463-0.5610.55810.0807-0.1246-0.2883-0.1554-0.02640.18030.1218-0.20840.00440.1583-0.03190.00230.28210.01460.2262-43.770821.6633-27.1156
90.1323-0.23730.07290.911-0.24560.05460.39740.5844-0.3142-0.85560.15590.2389-0.36550.32770.08220.40710.0912-0.01420.5918-0.11380.3976-14.75620.6558-39.4231
100.0921-0.1598-0.11880.40760.1640.13510.02720.21140.1281-0.39220.0557-0.00480.13630.10020.00020.24050.001-0.0210.17150.04530.1744-8.13916.459-30.2454
110.7194-0.14870.05041.10070.5280.4730.0511-0.20630.0793-0.0062-0.0991-0.1362-0.0096-0.0229-00.16270.01780.0010.20660.01690.1891-30.233128.8175-24.9068
121.0284-0.4650.4859-0.35080.16930.6485-0.01-0.10550.20570.03170.05360.0406-0.0153-0.00940.00130.15860.0105-0.01150.11030.01080.202-11.135122.9648-18.1873
130.4732-0.26860.2370.57080.03050.20990.0637-0.2857-0.33810.04050.03910.10430.2722-0.18890.00010.2243-0.02810.0180.28330.06380.2269-33.354314.7602-19.772
142.1216-0.62550.49521.0899-0.28321.61130.13830.1281-0.2149-0.2375-0.08140.1710.0931-0.28740.00970.1342-0.04080.01410.1728-0.00430.1531-39.771121.1926-30.7575
150.2702-0.0806-0.2350.03820.07360.1974-0.135-0.15730.42310.2760.32180.3228-0.6736-0.2290.0160.47510.0888-0.00310.15280.00210.3656-11.103613.23-5.1929
160.1730.02080.00690.02590.02170.04950.1181-0.0717-0.35070.28080.16130.63620.4562-0.0802-0.0030.3849-0.0325-0.01340.15290.06550.4015-21.52197.0539-21.6612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 122 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 169 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 170 through 198 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 199 through 240 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 299 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 300 through 333 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 334 through 394 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 122 through 152 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 153 through 169 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 170 through 198 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 199 through 240 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 241 through 299 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 300 through 327 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 328 through 394 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 7 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 7 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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