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万見
- PDB-4dvr: Crystal structure of YU2 gp120 core in complex with Fab 48d and N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dvr
タイトルCrystal structure of YU2 gp120 core in complex with Fab 48d and NBD-557
要素
  • Envelope glycoprotein gp120
  • Fab 48d Heavy chain
  • Fab 48d Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/TRANSCRIPTION INHIBITOR / HIV-1 gp120 / CD4 binding site / NBD-557 / IMMUNE SYSTEM-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LY / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein in Complex with NBD Analogues That Target the CD4-Binding Site.
著者: Kwon, Y.D. / Lalonde, J.M. / Yang, Y. / Elban, M.A. / Sugawara, A. / Courter, J.R. / Jones, D.M. / Smith, A.B. / Debnath, A.K. / Kwong, P.D.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年5月19日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.62023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope glycoprotein gp120
L: Fab 48d Light chain
H: Fab 48d Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,32811
ポリマ－81,3973
非ポリマー1,9318
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area33050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.445, 109.738, 130.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Fab 48d Light chain


分子量: 23092.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 48d Heavy chain


分子量: 23386.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 G

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120 / Env polyprotein


分子量: 34918.633 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 82-122; 199-297; 319-479 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate YU-2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate YU-2 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35961
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 114分子

#5: 化合物 ChemComp-0LY / N-(4-bromophenyl)-N'-(2,2,6,6-tetramethylpiperidin-4-yl)ethanediamide / NBD-557 / NBD-557


分子量: 382.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24BrN3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE WAS CONSTRUCTED BY DELETION OF N-TERMINAL 1-43, BY REPLACING THE V1/V2 ...THE CRYSTALLIZED SEQUENCE WAS CONSTRUCTED BY DELETION OF N-TERMINAL 1-43, BY REPLACING THE V1/V2 REGIONS WITH A GG LINKER, AND REPLACING V3 REGION WITH A LINKER GGSGSG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 5% iso-propanol, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.4 Å / Num. all: 27379 / Num. obs: 24559 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 62.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1RZK

1rzk


解像度: 2.5→49.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 35.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2887 1970 8.16 %
Rwork0.2284 --
obs0.2333 24129 87.79 %
all-27496 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.8165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8745 Å20 Å20 Å2
2---0.3003 Å2-0 Å2
3----2.5742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 121 113 5767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0015792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3597862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0272116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022895
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002998
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4966-2.55910.4201900.32741009X-RAY DIFFRACTION56
2.5591-2.62830.41251000.31451163X-RAY DIFFRACTION66
2.6283-2.70560.35811130.32171264X-RAY DIFFRACTION72
2.7056-2.79290.41881220.30841363X-RAY DIFFRACTION76
2.7929-2.89270.40861330.3061482X-RAY DIFFRACTION84
2.8927-3.00850.40871410.29471576X-RAY DIFFRACTION88
3.0085-3.14540.35151510.29281691X-RAY DIFFRACTION94
3.1454-3.31120.30361530.26341721X-RAY DIFFRACTION97
3.3112-3.51860.33661560.24441758X-RAY DIFFRACTION99
3.5186-3.79020.25841590.23371793X-RAY DIFFRACTION99
3.7902-4.17150.29261600.20981793X-RAY DIFFRACTION99
4.1715-4.77470.23021590.18351803X-RAY DIFFRACTION99
4.7747-6.01390.24461640.19571833X-RAY DIFFRACTION99
6.0139-49.47760.26511690.21171910X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3939-3.25482.30386.6073-1.52383.67970.1752-0.0979-0.0567-0.0924-0.0224-0.42380.1660.3224-0.13920.439-0.02780.00390.489-0.11110.368643.46676.010187.9153
23.9122-1.38590.45383.8768-0.20433.6564-0.0349-0.27950.13580.32440.225-0.471-0.16530.1099-0.19960.4549-0.05040.01620.3299-0.03210.389341.943821.607100.7025
34.4743-0.41952.29377.7229-2.80664.9214-0.3318-0.0699-0.00450.74120.44130.0364-0.1766-0.0215-0.11190.47370.04770.01580.49310.02910.352423.297445.848680.9719
47.1487-0.10642.17274.3729-0.69923.6958-0.1638-0.50530.22420.10040.04050.2325-0.7514-0.81820.18470.67290.12940.01540.66930.01020.37422.512169.087965.1466
51.7299-0.76621.96640.3289-0.83762.16750.0586-0.4352-1.01380.18360.6611.00920.1456-0.65-0.43830.4198-0.1262-0.0510.67470.39240.92833.987534.78176.4624
65.36032.8943-0.37628.124-3.10845.20990.1881-0.1572-0.0655-0.2347-0.01510.5624-0.7008-0.2828-0.19460.53350.12570.08240.4290.04110.409-0.181660.984751.7526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G and (resid 1:252 or resid 474:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain G and resid 253:473
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:118
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 119:219
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:108
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 109:212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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