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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dof | ||||||
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タイトル | Structures of Vaccinia Virus Uracil-DNA Glycosylase in New Crystal Forms | ||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA BINDING COMPONENT / VIRAL PROCESSIVITY FACTOR / Glycosidase / DNA repair | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schormann, N. / Chattopadhyay, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of the Dimer Interface in Crystal Structures of Vaccinia Virus Uracil DNA Glycosylase 著者: Schormann, N. / Sommers, C.I. / Ricciardi, R.P. / Chattopadhyay, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 358.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27253.119 Da / 分子数: 4 / 変異: D17N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: D4R, VACWR109 / プラスミド: PET15b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→19.85 Å / Num. all: 27886 / Num. obs: 27886 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2740 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2OWQ 解像度: 2.8→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 35.182 / SU ML: 0.326 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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