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万見
- PDB-4dlp: Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dlp
タイトルCrystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucella melitensis bound to selenomethionine
要素Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
キーワードLIGASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / class Ia aminoacyl-tRNA synthetase / selenomethionine / anomalous signal / protein synthesis / ATP-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENOMETHIONINE / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Brucella melitensis Methionyl-tRNA-Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis.
著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / ...著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
B: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
C: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6026
ポリマ－181,0133
非ポリマー5883
水1,63991
1
A: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5342
ポリマ－60,3381
非ポリマー1961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5342
ポリマ－60,3381
非ポリマー1961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5342
ポリマ－60,3381
非ポリマー1961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.250, 77.620, 116.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aminoacyl-tRNA synthetase, class I:Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia:Methionyl-tRNA synthetase, class Ia


分子量: 60337.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
遺伝子: BAB1_1014, metG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YQ76, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-MSE / SELENOMETHIONINE / セレノメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 196.106 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2Se
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BrabA.10201.a.A1 PW27667 at 28.7 mg/mL with 5 mM selenomethionine and 5 mM ATP against JCSG+ screen condition C3, 0.2 M ammonium nitrate, 20% PEG 3350, crystal tracking ID 226820c3, pH 7.5, ...詳細: BrabA.10201.a.A1 PW27667 at 28.7 mg/mL with 5 mM selenomethionine and 5 mM ATP against JCSG+ screen condition C3, 0.2 M ammonium nitrate, 20% PEG 3350, crystal tracking ID 226820c3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 52724 / Num. obs: 52379 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15.21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.65-2.720.4862.6314094380999.5
2.72-2.790.4063.0514457377799.7
2.79-2.870.3443.6213960365999.8
2.87-2.960.2694.5513630357099.7
2.96-3.060.2145.7213153345299.7
3.06-3.170.1757.1312702332599.6
3.17-3.290.1369.112116320299.7
3.29-3.420.11111.0911891314899.5
3.42-3.570.09712.7310541292699.3
3.57-3.750.08215.079961283599.1
3.75-3.950.06817.799542267498.6
3.95-4.190.04624.469430255499.4
4.19-4.480.0428.39042245399.4
4.48-4.840.03531.618337226599.5
4.84-5.30.03730.727533205499.6
5.3-5.930.03829.076910188599.2
5.93-6.840.03730.756048166799.2
6.84-8.380.02739.495147142399
8.38-11.850.019483999111198.8
11.850.01848.58196959092.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å38.24 Å
Translation2.6 Å38.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2x1l

2x1l


解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.2092 / WRfactor Rwork: 0.1737 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8368 / SU B: 23.006 / SU ML: 0.224 / SU R Cruickshank DPI: 0.7574 / SU Rfree: 0.3023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.757 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 2671 5.1 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.1991 52379 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.74 Å2 / Biso mean: 48.2529 Å2 / Biso min: 21.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å2-1.21 Å2
2--3.8 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10934 0 27 91 11052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.94615362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.149317772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.65251420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96923.346526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16151593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.081579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022477
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 175 -
Rwork0.339 3500 -
all-3675 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65620.0329-0.26660.0069-0.01260.5439-0.04060.0955-0.02080.00870.0060.0199-0.07320.03850.03460.0917-0.0030.01340.0670.00610.1004-3.5348-8.473837.7957
20.9554-0.06270.62050.0067-0.05821.4029-0.03960.0449-0.00650.00520.01050.00960.0840.04670.02910.08610.0222-0.0080.05130.01710.07122.0241-47.22963.4228
31.7351-0.1495-0.21280.02460.10020.68280.1118-0.2430.05260.00590.013-0.01490.10510.1012-0.12480.056-0.0233-0.00410.1486-0.02140.040326.6827-8.296686.9734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 509
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 508
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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