PDB-4dln: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the D129...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dln

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the D129S mutation

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Amacher, J.F. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dln.cif.gz	486.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dln.ent.gz	398.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dln_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dln_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	4dln_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	4dln_validation.cif.gz	80 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dm7C 4dmfC 4dmhC 4dmkC 4yx9C 3kd2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jyc-2 5hka-1 3kda-2 4dmf-2 5tne-2 3pi6-2 5hka-2 5tnd-2 5tng-2 4dmh-1 5tnl-2 4dmc-2 1oa8-d 4ehb-2 3kda-1 4dm7-1 5tns-1 5tnf-2 4dmh-2 5tns-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.174, 83.953, 89.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-676- HOH
2	1	C-678- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34136.691 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: D129S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 16% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9782 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.087 Å / Num. obs: 173094 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 12570 / R_sym value: 0.284 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Chain A of PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.55→46.087 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1759	8686	5.02 %	thin shells
R_work	0.1593	-	-	-
obs	0.1602	173079	98.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.766 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7139 Å²	-0 Å²	0.3504 Å²
2-	-	-0.9305 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.6444 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.087 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9484	0	0	1224	10708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	13394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.935	3600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.2035	428	0.1715	5278	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5676-1.5861	10000000	0	0.1666	5661	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5861-1.6054	0.1925	435	0.1641	5198	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6054-1.6257	0.1953	434	0.1631	5294	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6257-1.6471	10000000	0	0.159	5721	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6471-1.6697	0.1845	433	0.1554	5210	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6697-1.6936	0.1848	430	0.1527	5224	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6936-1.7188	10000000	0	0.1568	5766	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7188-1.7457	0.1981	434	0.1576	5310	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7457-1.7743	0.1831	431	0.1562	5278	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7743-1.8049	10000000	0	0.1476	5713	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8049-1.8377	0.1801	431	0.1529	5249	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8377-1.8731	0.1757	432	0.1539	5287	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8731-1.9113	10000000	0	0.1518	5786	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9113-1.9529	0.1685	431	0.149	5316	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9529-1.9983	0.1841	433	0.1512	5320	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9983-2.0483	10000000	0	0.1493	5797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0483-2.1037	0.1687	435	0.1478	5296	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1037-2.1656	0.1671	431	0.1478	5356	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1656-2.2355	10000000	0	0.1518	5823	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2355-2.3153	0.1806	435	0.1527	5328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3153-2.408	0.1896	436	0.1577	5413	X-RAY DIFFRACTION	99
2.408-2.5176	10000000	0	0.1574	5764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5176-2.6504	0.1596	438	0.1569	5386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6504-2.8164	0.1667	438	0.1516	5414	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8164-3.0338	10000000	0	0.1641	5884	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0338-3.339	0.1604	440	0.1549	5424	X-RAY DIFFRACTION	99
3.339-3.822	0.143	441	0.1408	5462	X-RAY DIFFRACTION	99
3.822-4.8145	10000000	0	0.131	5892	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8145-46.1078	0.1558	440	0.1619	5543	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2843	0.0643	0.0402	0.5652	-0.0109	0.4103	0.0128	-0.0129	0.0476	0.0267	-0.027	-0.0474	-0.0494	0.0103	-0	0.0268	0.0076	0.0044	0.0236	-0.0006	0.0367	5.6846	41.0545	27.1069
2	0.5684	-0.1584	-0.0109	0.6036	0.1408	0.3225	0.0189	0.0174	-0.0242	-0.0197	0.0072	-0.0873	0.0228	0.0074	0	0.0315	0.02	0.0068	0.0335	-0.0004	0.0192	14.8079	1.1684	15.6506
3	0.3412	0.04	0.0874	0.3789	0.0958	0.4404	0.0153	-0.0552	-0.0346	0.031	-0.0274	0.0221	0.0547	-0.0487	-0	0.0267	0.0028	0.0052	0.0424	0.0052	0.0163	-21.9648	7.9968	27.2913
4	0.7111	-0.2658	-0.0423	0.6212	-0.0825	0.2502	-0.0113	0.0072	0.1072	-0.0321	0.0094	0.0125	-0.0355	-0.0013	0	0.0338	0.0172	-0.0196	0.0282	-0.0055	0.0515	-30.9669	47.6447	15.6348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:321)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:322)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:321)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:320)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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