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万見
- PDB-4dga: TRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: HIV-1 CA(O-loop) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dga
タイトルTRIMCyp cyclophilin domain from Macaca mulatta: HIV-1 CA(O-loop) complex
要素
  • TRIMCyp
  • capsid protein
キーワードISOMERASE/VIRAL PROTEIN / anti-viral protein / ISOMERASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / activation of protein kinase B activity ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / negative regulation of viral life cycle / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / activation of protein kinase B activity / endothelial cell activation / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / viral budding via host ESCRT complex / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / neutrophil chemotaxis / : / positive regulation of protein secretion / HIV-1 retropepsin / peptidylprolyl isomerase / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / platelet activation / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein phosphorylation / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / platelet aggregation / integrin binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / autophagy / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / ubiquitin protein ligase activity / host cell / protein folding / viral nucleocapsid / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / defense response to virus / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of MAPK cascade / protein ubiquitination / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / innate immune response / apoptotic process / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / proteolysis / DNA binding / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / B-box zinc finger / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger ...Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / B-box zinc finger / Cyclophilin / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Zinc finger RING-type profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Zinc finger, RING-type / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Gag-Pol polyprotein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Caines, M.E.C. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / James, L.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Diverse HIV viruses are targeted by a conformationally dynamic antiviral.
著者: Caines, M.E. / Bichel, K. / Price, A.J. / McEwan, W.A. / Towers, G.J. / Willett, B.J. / Freund, S.M. / James, L.C.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRIMCyp
B: TRIMCyp
C: capsid protein
D: capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3924
ポリマ－68,3924
非ポリマー00
水6,287349
1
A: TRIMCyp
C: capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1962
ポリマ－34,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRIMCyp
D: capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1962
ポリマ－34,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.590, 111.350, 67.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRPHEPHEAA5 - 675 - 67
211THRTHRPHEPHEBB5 - 675 - 67
121GLYGLYLEULEUAA75 - 16475 - 164
221GLYGLYLEULEUBB75 - 16475 - 164
112PROPROALAALACC1 - 142 - 15
212PROPROALAALADD1 - 142 - 15
122ILEILEASNASNCC37 - 5738 - 58
222ILEILEASNASNDD37 - 5738 - 58
132THRTHRILEILECC72 - 14173 - 142
232THRTHRILEILEDD72 - 14173 - 142

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 TRIMCyp / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 18016.473 Da / 分子数: 2 / 断片: cyclophilin domain (UNP residues 304-468) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TRIMCyp / プラスミド: pOPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: B0LJC8, UniProt: P62940*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質 capsid protein


分子量: 16179.579 Da / 分子数: 2 / 断片: cyclophilin-binding domain (UNP residues 133-277) / Mutation: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: M-group (NL4-3) / 遺伝子: gag / プラスミド: pOPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q72497, UniProt: P12497*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.182 Å / Num. all: 41766 / Num. obs: 41766 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-21.70.1963.6904853220.19683.1
2-2.121.90.1345.11104259560.13498.2
2.12-2.271.90.0985.91044556140.09898.2
2.27-2.451.90.079.4957451540.0798.1
2.45-2.691.90.0698.5888847970.06998.1
2.69-31.90.05510.4799842940.05597.4
3-3.471.80.04412.5699637930.04497.2
3.47-4.251.80.03814.8580831750.03896
4.25-6.011.80.03813.5421323940.03894.5
6.01-42.6051.90.03118.2245912670.03189.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PXSOFTデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2WLW AND 1AK4

2wlw

1ak4


解像度: 1.9→66.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.2547 / WRfactor Rwork: 0.2058 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8482 / SU B: 7.183 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1918 / SU Rfree: 0.1687 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 2111 5.1 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1983 41697 94.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.29 Å2 / Biso mean: 25.0759 Å2 / Biso min: 9.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-0.21 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4554 0 0 349 4903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.956346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83837895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7855594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23224.75200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09615792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7341519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02917
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2029MEDIUM POSITIONAL0.290.5
1A2029MEDIUM THERMAL1.292
2C1241MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2C1241MEDIUM THERMAL1.162
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 116 -
Rwork0.259 2261 -
all-2377 -
obs--73.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12820.0565-0.46563.07440.84192.61520.00040.029-0.1123-0.1341-0.0529-0.16970.22380.00560.05250.04070.0120.02020.01030.00810.02134.410225.842814.2441
23.32120.80351.00212.9902-0.80622.7677-0.14680.22770.3546-0.17540.12220.1898-0.32370.05570.02460.0805-0.0286-0.01560.030.02810.0437-21.7952-19.493514.7753
33.67910.4455-0.80431.5494-0.783.5795-0.06980.0243-0.12040.06310.02230.10450.1578-0.33180.04750.0301-0.0101-0.01380.0366-0.01990.0625-16.384113.047644.9698
44.48571.35021.60022.77071.56611.8884-0.0670.18370.06540.04860.0562-0.2034-0.09770.02920.01070.02270.00910.00070.01770.02180.0935-1.4831-5.475145.3712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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