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万見
- PDB-4d9r: Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9r
タイトルInhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D
要素
  • Complement factor D
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Factor D / complement / antibody / exosite / Fab / chymotrypsin / protease / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Alternative complement activation / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / complement activation ...complement factor D / IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Alternative complement activation / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / complement activation / complement activation, alternative pathway / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / serine-type peptidase activity / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / platelet alpha granule lumen / protein maturation / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / response to bacterium / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Platelet degranulation / blood microparticle / secretory granule lumen / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / immune response / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor D / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Inhibiting alternative pathway complement activation by targeting the factor d exosite.
著者: Katschke, K.J. / Wu, P. / Ganesan, R. / Kelley, R.F. / Mathieu, M.A. / Hass, P.E. / Murray, J. / Kirchhofer, D. / Wiesmann, C. / van Lookeren Campagne, M.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32013年9月18日Group: Database references
改定 1.42017年8月2日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.52023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
B: Complement factor D
E: Fab heavy chain
D: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,8008
ポリマ－141,7296
非ポリマー712
水6,287349
1
A: Complement factor D
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8643
ポリマ－70,8643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement factor D
E: Fab heavy chain
D: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9355
ポリマ－70,8643
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.048, 132.048, 180.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 24438.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, Factor D, PFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23235.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01834
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23189.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01857
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日
放射プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→25 Å / Num. all: 61198 / Num. obs: 60502 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 55.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.42-2.513.90.505199.5
2.51-2.6140.388199.8
2.61-2.7340.296199.8
2.73-2.8740.221199.6
2.87-3.054.10.154199.5
3.05-3.284.10.117199.2
3.28-3.6140.096198.8
3.61-4.1340.086198.1
4.13-5.240.077197.4
5.2-2540.067194.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.6精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HFD

1hfd


解像度: 2.42→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9379 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU R Cruickshank DPI: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 3064 5.08 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2149 60373 98.65 %-
all-61198 --
原子変位パラメータBiso mean: 53.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9485 Å20 Å20 Å2
2--0.9485 Å20 Å2
3----1.8969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.331 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9927 0 2 349 10278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110179HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2513874HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3401SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1493HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10179HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1336SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11605SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3222 215 4.84 %
Rwork0.2584 4230 -
all0.2614 4445 -
obs--98.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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